Vers 1975, deux hommes d'affaires, l'américain Max Gunther et Pepe Rada, dirigent Peruvian Safaris, une compagnie qui organise des expéditions de chasseurs à travers la jungle péruvienne. Lorsque le gouvernement interdit la chasse des trois plus gros gibiers (le jaguar, l'ours à lunettes et le cerf des Andes), ils décident de se tourner vers le tourisme et de s'implanter à Puerto Maldonado, doté d'un aéroport, proche de Cuzco et situé au cœur d'une forêt encore préservée. Après l’acquisition d'une parcelle de 105 hectares, Max Gunther achète la quasi-totalité des parts de la société et fonde en 1976 un lieu d'hébergement, Explorer's Inn (l'auberge de l'explorateur), inauguré par le président Francisco Morales Bermúdez. Il sollicite des scientifiques nord-américains dont les études préliminaires attestent de l'intérêt du site, ce qui permet de soutenir la création d'une zone réservée auprès du gouvernement en 1977, qui en confie alors la garde à la Peruvian Safaris. Le projet touristique se double alors d'un volet scientifique et d'un engagement en faveur de la protection de la nature[1]. Une première étude biotique est menée sous la direction de l'écologue David. L. Pearson en 1979[2].

La gouvernance collective de la réserve est issue d'un compromis entre l'État, les défenseurs de l’environnement, les acteurs économiques et les populations indigènes. En effet, le biologiste Charles Munn (en) et des environnementalistes militent dans les années 1990 pour que la zone réservée élargie de Tambopata-Candamo, approuvée en 1990, bénéficie d'un niveau de protection supérieur, tandis que les agriculteurs forestiers et les autochtones, ces derniers notamment regroupés au sein de la Federación Nativa del Río Madre de Dios y Afluentes (Fenamad), défendent le droit de rester sur le territoire qu'ils occupent et d'y maintenir des activités marchandes. Les autorités locales du département marquent leur désaccord avec le gouvernement. Le processus prend fin au terme de négociations houleuses et avec la création du Parc national Bahuaja Sonene en 1996 et de la Réserve nationale Tambopata en 2000[3].