Avant 1700, l'île portait le nom d’Isla de Sant Pau (« Île Saint-Paul ») ou d’Illa Plana (« Île Plate »), et servait de refuge pour les pirates barbaresques.

Afin de priver les pirates, opérant à partir d'Alger, de cette base d'appui pour leurs coups de main effectués sur les côtes espagnoles, elle est fortifiée en 1760 sur les ordres de Charles III d'Espagne. Elle fut peuplée de génois Tabarquins, réduits en esclavage à la suite de la prise de Tabarque par le bey de Tunis en 1741 et rachetés par la couronne espagnole. C'est alors qu'elle prit le nom de Nova Tabarca (« Nouvelle Tabarque »), puis Nueva Tabarca à partir de 1770.

Les Tabarquins rachetés furent d'abord installés à Alicante, où ils occupèrent le collège jésuite, puis déplacés dans l'île avec une garnison espagnole. Les fortifications furent construites par l'ingénieur Fernando Méndez Ras.

En 1850, le gouverneur et la garnison furent supprimés, et à la fin du XIXe siècle, la population était d'environ 1 000 habitants, vivant principalement de la pêche.

De nos jours, sa population s'est complètement fondue dans la culture hispanique. On y voit toujours les portes de la citadelle, la maison du gouverneur et l'église Saints Pierre et Paul, construite en 1779.

L'île est jumelée avec l'île San Pietro en Sardaigne, également peuplée de réfugiés tabarquins.

L'île est aussi une Réserve Marine (Tabarca)[1].