Pasargades est bâtie par le roi achéménide Cyrus II. Selon l'auteur grec Strabon (XV, 3, 8) :

« La grande vénération de Cyrus pour Pasargades venait de ce qu'il avait livré sur l'emplacement de cette ville la dernière bataille dans laquelle Astyage le Mède avait été vaincu, bataille décisive qui avait transporté entre ses mains l'empire de l'Asie. C'était même pour consacrer à tout jamais le souvenir de cet événement qu'avait été fondé et bâti le palais de Pasargades. »

Cette interprétation semble douteuse : la bataille de Pasargades n'est pas la dernière de la guerre contre les Mèdes, et les indices archéologiques indiquent une fondation ultérieure de la ville, après la conquête de Sardes (vers 546 av. J.-C.). Pour Hérodote (I, 125), le choix du site s'explique plutôt parce que Pasargades est le berceau de l'une des trois tribus perses, celle dont est issu le clan des Achéménides.

Pasargades reste la capitale jusqu'au règne de Darius Ier qui déplace son siège à Persépolis.