Sous le règne de l'empereur Lý Nam Đế (544-548), la pagode construite à l'origine sur les rives du fleuve Rouge, proche du village de Hoa, se trouve actuellement entre le quartier de Yen Phu, et le quartier de Tran Vu district de Tay Ho aujourd'hui. Le temple nommé successivement Khai Quoc ("Fondation du Royaume"), puis Thai Tong au XVe siècle, a été rebaptisé Tran Quoc ("Défense du Royaume") au XVIIe siècle par l'empereur Lê Hy Tông. En 1615, les rives du fleuve Rouge, instables, présentant un danger pour le temple et les pèlerins, le gouvernement prend la décision de déplacer le temple tout entier sur l’île Kim Ngu, près de la rive est du lac de l'Ouest. On s'y rend par une passerelle en bois se trouvant entre le lac de l'Ouest et le lac Trúc Bạch, accès achevé en 1620.

La pagode a été reconstruite et agrandie sous le règne de Lê Hy Tông en 1639. La signature gravée Nguyen Xuan Chinh en 1639 confirme la restauration à cette date[1].