Ses fondateurs étaient les tribus Dah-Parn, l'un des anciens ancêtres des Turkmènes. Nisa est l'une des premières capitales des Parthes. Traditionnellement fondé par le roi Arsace Ier (régnant de 250 à 211 av. J.-C.), c'était peut-être la nécropole royale des rois parthes, quoiqu'on n'ait jamais établi que la forteresse de Nisa soit une résidence royale ou un mausolée.

Ce que l'on peut affirmer avec certitude, c'est que Nisa était une plaque tournante commerciale majeure de l’Empire parthe.

Des fouilles ont permis de découvrir plusieurs grands édifices, des mausolées et temples mithraïques, de nombreux documents manuscrits, et une trésorerie pillée.

On a retrouvé sur le site une grande diversité d'objets et d'art hellénistique, ainsi qu'un grand nombre de rhytons en ivoire, dont les bords sont décorés avec des images perses ou issues de la mythologie classique.

Nisa fut plus tard rebaptisée Mithradātkert ( Parthe : 𐭌𐭕𐭓𐭃𐭕𐭊𐭓𐭕 , littéralement  'forteresse de Mithradate') par Mithridate Ier de Parthe (régna vers 171 av. J.-C. – 138 av. J.-C.). La région était célèbre pour ses chevaux rapides et beaux.

Elle sera détruite par un tremblement de terre survenu au Ier siècle av. J.-C..

Les forteresses de Nisa furent ajoutées à la liste du patrimoine mondial de l'UNESCO en 2007[1].

 Nisa, vue de son extrémité ouest.