Fondé par les disciples de saint Antoine le Grand au IVe siècle (peut-être en 356 juste après la mort du saint), il est considéré, avec le monastère Saint-Paul, son voisin comme le plus ancien monastère chrétien du monde[1].

Saint Antoine s’est retiré dans les montagnes à la fin du IIIe siècle pour vivre en solitaire. À sa mort, ses disciples ont construit le monastère à son nom. C'est entre 1231 et 1299 que l'on y copie ou compose le plus de manuscrits[2]. Depuis le XVIe siècle, des moines ont occupé le monastère sans interruption.

Il est restauré entre 2002 à 2010[3].