Bien que des expéditions affirment avoir trouvé des traces de campements humains anciens[1], les îles Galápagos étaient inhabitées à l'époque où elles furent explorées par les Espagnols en 1535. Au cours des XVIIe et XVIIIe siècles, l'archipel devint un lieu de rendez-vous pour les pirates et les boucaniers. Les navires de guerre anglais et américains, ainsi que les baleiniers, accostèrent encore souvent aux îles Galápagos au XIXe siècle.

En 1835, Charles Darwin, naturaliste britannique, y étudia la diversité des espèces présentes. Ce n'est pas, contrairement à l'opinion courante, dans l'archipel qu'il commença à douter du créationnisme, mais ses observations lui permirent, plus tard, d'argumenter sa fameuse étude sur l'évolution et la sélection naturelle publiée en 1859. Aujourd'hui, à Puerto Isidro Ayora, la plus grande ville de l'archipel (située sur l'île Santa Cruz), se trouve un centre de recherche à son nom.

L'Équateur a officiellement annexé l'archipel des îles Galápagos en 1832. Environ un siècle plus tard, les îles n'étaient habitées que par quelques colons et ont été utilisées en tant que colonies pénitentiaires, qui furent fermées en 1959.

L'archipel est officiellement devenu un parc national en 1959. Le tourisme organisé a commencé vers la fin des années 1960 ; plusieurs centaines de milliers de personnes visitent aujourd'hui les îles chaque année[2] .

Le président Lenín Moreno avait envisagé en 2019 de permettre la présence d'avions militaires américains sur l'archipel en échange de la rénovation des aéroports par les États-Unis, mais la Constitution équatorienne interdit depuis 2008 l'installation de bases militaires étrangères dans le pays, et les organisations environnementales dénoncèrent l'impact négatif que cette décision aurait eu sur la biodiversité[3].