Vue de l'extrémité nord de l'île Éléphantine avec l'hôtel et des felouques.

Dès l'Ancien Empire, les expéditions militaires vers la Nubie partaient de l'île Éléphantine. Fortifiée dès le quatrième millénaire avant notre ère, Sount, la « ville des flots » bâtie au sud de l'île, servait dès l'Ancien Empire de poste douanier et de place d'échange commercial avec le Sud.

Les fouilles de ces dernières décennies ont permis de dégager les ruines de la cité de l'Ancien Empire qui était abritée derrière une imposante muraille de briques crues. Outre les quartiers d'habitation, la cité comprenait un quartier résidentiel pour le gouverneur de la région, des greniers et un sanctuaire rupestre consacré à Satis dont l'état le plus ancien remonte à la VIe dynastie. On y a également dégagé une structure en maçonnerie que l'on pense être une petite pyramide à degrés et qui ferait partie d'une série de monuments de ce style édifiés à la IVe dynastie par Snéfrou ou peut-être son prédécesseur Houni (IIIe dynastie). Ces structures construites en assises régulières et réservées sont architecturalement très proches des édifices pyramidaux des débuts de l'Ancien Empire, comportant au moins trois degrés, et symboliseraient le pouvoir royal.

Les vestiges de sculptures et d'inscriptions des XIe et XIIe dynasties sont le témoignage des constructions monumentales du Moyen Empire.

Selon les croyances traditionnelles, l'inondation annuelle du Nil provient d'une grotte de l'île Éléphantine[1].

Au Nouvel Empire de nombreux temples seront édifiés sur l'île Éléphantine, dont un temple dédié à Khnoum, un temple périptère remontant à Hatchepsout et Thoutmôsis III dédié à Anoukis et un kiosque de même style datant d'Amenhotep III. Les trois divinités Khnoum, Satis et Anoukis forment la triade d'Éléphantine. Satis évite que la crue soit trop basse, pendant qu'Anoukis la régule si elle dépasse un certain niveau.

Avec le temps, la ville grossit et s'étendit sur la rive orientale du Nil en face de l'île Éléphantine, devenant la Syène des derniers temps de l'Égypte pharaonique.

Nectanébo reconstruit le temple consacré à Khnoum, le principal dieu, seigneur de la cataracte, gardien des sources du Nil ainsi qu'à ses parèdres Anoukis (ou Anouket) et Satis (ou Satet). Vers -2800, Éléphantine devient la capitale du premier nome de l'Égypte antique[2].

La ville continue à se développer à l'époque des Ptolémées dans l'île et sur la rive orientale, à l'emplacement d'Assouan. De cette époque, il reste un temple consacré à Isis, le fragment de quai conservé sur la rive sud de l'île ainsi que l'un des derniers nilomètres présents sur le fleuve.

Au XIXe siècle, on pouvait encore voir des temples de Thoutmôsis III et d'Amenhotep III qui, par la suite, furent complètement détruits pour les nécessités de l'industrie naissante de l'Égypte moderne. Des fouilles du début du XXe siècle eurent pour résultat de mettre au jour des papyrus araméens de l'époque perse, qui témoignent de l'existence dans ce lieu, depuis le VIe siècle avant notre ère, d'une colonie juive qui avait son propre temple consacré à YHWH. Ce temple fut démoli à l'instigation des prêtres de Khnoum en 410 av. J.-C.[3].