Bloc de quelques centimètres d'anhydrite provenant de la mine de Naica, voisine de la grotte des Cristaux.

En 1910, des mineurs découvrent une caverne sous le chantier de la mine de Naica au Mexique, surnommée la « grotte des Épées » (espagnol : Cueva de las Espadas). Elle est située à 120 mètres de profondeur, au-dessus de la grotte des Cristaux, et contient de petits et spectaculaires cristaux (longs d'un mètre). On suppose qu'à ce niveau, les températures de transition peuvent chuter beaucoup plus rapidement, entraînant la fin de la croissance des cristaux.

La grotte de cristaux géants est découverte en avril 2000 par des mineurs creusant un nouveau tunnel pour la société minière Industrias Peñoles située à Naica, tout en forant à travers la faille de Naica qui préoccupaient les mineurs par son éventuelle possibilité d'inonder la mine. Le complexe minier de Naica contient d'importants dépôts d'argent, de zinc et de plomb.

Deux autres cavernes plus petites ont également été découvertes en 2000, la « grotte de l’œil de la Reine » et la « grotte des Bougies », ainsi qu'une autre cavité trouvée dans un projet de forage en 2009. Cette nouvelle grotte, nommée « Palais de Glace », est située à 150 mètres de profondeur et n'est pas inondée, mais ses formations de cristaux sont beaucoup plus petites, avec des petites formations en « chou-fleur » et de fins cristaux filiformes.