El Nido a été habitée par l'homme dès 2680 av. J.-C., et peut-être même avant, il y a 24 000 ans[1]. Cela a été confirmé par les fossiles et les sites funéraires, datant de la fin de l'âge néolithique, que l'on retrouve dans de nombreuses grottes et sites d'excavation autour de la municipalité, en particulier la grotte Ille à New Ibajay. Sous la Dynastie Song (960-1279 av. J.-C.), les commerçants chinois ont régulièrement visité la région d'El Nido pour ses nids d’oiseaux comestibles. En fait, El Nido est spécifiquement mentionné dans les archives chinoises remontant à 1225 av. J.-C. Caho Ju-Kua, un membre de la famille royale chinoise, délégué commercial et surintendant des douanes du port de Chuan How, a écrit un article sur l'île, Pa-Lao-Yu ou Pays des Beaux Ports dans son livre Chu Chai Fan.[2]

À l'origine, El Nido était un village Tagbanwa appelé Talindak. Au XVIe siècle, des vagues de migrants en provenance des îles Cuyo vinrent ici pour s’y établir. Les Espagnols arrivèrent dans les années 1800 et s’installèrent dans la zone où les actuelles Población et Mabini sont situées[2]. Les premières familles espagnoles étaient les Canovas, les Vázquez, les Ríos et les Rey. En 1890, les Espagnols l'ont rebaptisée Bacuit. À l'époque, le centre de la ville a été Cabigsing, alors connu sous le nom d’Inventario. Des familles chinoises émigrèrent dans la région pendant la même période, s'établissant d'abord à Langeblangeban. Ces premiers colons chinois portaient les noms de Lim, Chin, Liao, Edsan, ambao, Qué-Ke, Lim Piao, Yu Son, Pe et Pe Phan Khen[2].

Au cours de la colonisation espagnole des Philippines, la ville était sous la juridiction de la municipalité de Taytay, qui fut la capitale de l'ancienne Province de Calamianes à partir de 1818, et de la Province de Castilla à partir de 1858, zone qui est maintenant connue sous le nom de " Northern Palawan ". Elle est restée rattachée à Taytay jusqu'en 1916, date à laquelle elle est devenue officiellement municipalité indépendante[2].

En 1954, la ville a finalement pris son nom actuel, El Nido, après que des nids comestibles de salanganes, sorte de martinet (collocalia fuciphaga), furent trouvés dans les anfractuosités de ses falaises de calcaire. Ces nids, « nido » en espagnol, principal ingrédient pour « la soupe aux nids d'hirondelles », sont vendus aux environs de 3 000 dollars américains le kilogramme[3].