Sa construction en 1067 doit être replacée dans le cadre de la querelle des Investitures et ses retombées sur toute l'Europe. La faiblesse de l'autorité royale incita nombre de forces particulières à s'approprier des terres et à lutter farouchement pour une prééminence territoriale. C'est ainsi qu'on a assisté à la naissance de structures féodales.

Ce fut le siège de la cour des comtes de Thuringe jusqu'en 1440. Il fut également le centre d'une culture de cour raffinée, comme en témoigne l'histoire d'un concours de Minnesänger (trouvères allemands), le Sängerkrieg, autour de 1207, qui vit s'affronter des participants comme Walther von der Vogelweide, Wolfram von Eschenbach, Albrecht von Halberstadt (de), et bien d'autres. Wagner mit en scène cet épisode dans son opéra Tannhäuser.

Ce fut également une base stratégique importante[1] lors des conflits armés qui opposèrent la Saxe et la Thuringe, alliées, à Henri IV du Saint-Empire.

Sainte Élisabeth de Hongrie vécut à la Wartbourg lorsqu'elle était épouse du comte Louis IV de Thuringe de 1211 à 1228.

De mai 1521 à mars 1522, Martin Luther, alors au ban de l'Empire fut mis à l'abri dans le château par Frédéric le Sage. Ce fut pendant cette période que sous le nom de Junker Jörg (chevalier Georges), il traduisit le Nouveau Testament et une partie de l'Ancien Testament en allemand ; ce Nouveau Testament paru en 1522 puis la Bible de Luther complète parue en 1534 allaient être très largement diffusés en Allemagne et constituer le point de départ d'une révolution culturelle et religieuse en Allemagne et au-delà[2].

En 1817, il fut le siège d'une manifestation (appelée en allemand Wartburgfest) principalement menée par des étudiants allemands. Ces derniers, de sensibilité libérale et nationaliste, protestaient contre les conséquences du congrès de Vienne (1815), déplorant le retour à l'absolutisme plutôt que l'instauration d'un État-nation. À cette époque le duché était dirigé par Charles-Auguste de Saxe-Weimar-Eisenach.

Le château a été rénové plusieurs fois, et plusieurs parties anciennes ont été recouvertes ou transformées par des constructions ultérieures et des additions. De 1952 à 1966, le gouvernement de la République démocratique allemande le restaura comme il était au XVIe siècle, notamment la pièce de Luther avec ses planchers et murs en panneaux de bois originaux.