Le Stephansdom en 1830.

Commencée en 1137, elle est consacrée en 1147, pendant sa construction, en présence du roi des Romains Conrad III de Hohenstaufen, Otton de Freising, ainsi que d'autres seigneurs allemands prêts à partir pour la deuxième croisade. La première partie fut achevée en 1160. Elle est ensuite agrandie de 1230 à 1245. C'est de cette époque que datent le mur ouest et les premières tours romanes. En 1258, un incendie détruisit une grande partie du bâtiment. Une deuxième structure, plus large et elle aussi romane fut alors reconstruite sur les ruines de l'ancienne et consacrée le 23 avril 1263.

 Le chœur, la tour sud et la tour nord inachevée.

La cathédrale a été bombardée en 1575 par les Ottomans, puis en 1805 par Napoléon, ainsi que lors des bombardements alliés à la fin de la Seconde Guerre mondiale qui l'endommagèrent sévèrement[réf. nécessaire].

Elle contient les viscères des membres de la maison de Habsbourg qui régnèrent sur l'Autriche jusqu'en 1918. La création du bâtiment Haas Haus, dans les années 1990, a provoqué un scandale, son style très moderne cassant la beauté de la cathédrale gothique dont la flèche se reflète dans les vitres du bâtiment.

Les maîtres d'œuvre qui s'y sont succédé furent Konrad der Maurer, Ulrich Helbling, Wenzel Parler, Peter von Prachatitz, Hans von Prachatitz, Mathes Helbling, Hans Puchsbaum, Laurenz Spenning, Simon Achleitner, Jörg Kling, Jörg Öchsl, Anton Pilgram, Hans Saphoy, Bonifác Wohlmut, Simon Humpeller, Hans Herstorffer (de), Johann Carl Trumler (de).

Le compositeur Wolfgang Amadeus Mozart s'y est marié avec Constance Weber en 1782. Elle a été visitée par le pape Benoît XVI en 2007.