Sa construction fut décidée par le Sénat de Venise en 1630, alors qu'une épidémie de peste commencée dans l'été 1630 décimait près d'un tiers de la population en deux ans. La construction commença en 1631 et le monument fut inauguré en 1681. Cependant, la construction ne s'acheva qu'en 1687, 5 ans après la mort de l'architecte, Baldassare Longhena. Il y aura consacré 50 années de sa vie. Il s'agit en effet de la construction de Venise reposant sur le plus grand nombre de pilotis : 1 156 672[1]. Sa construction aura coûté quatre cent mille ducats or. Elle fut consacrée le 9 novembre 1687 par le patriarche Alvise Sagredo. La gestion de l'église fut accordée par décret du Sénat du 29 décembre 1656 aux pères somasques, tenant collège à la Trinità. En 1670, ils obtinrent l'autorisation du Sénat pour construire un nouveau Collège à côté de la Salute. La construction, confiée à Baldassare Longhena se termina en 1692. Elle fut en grande partie l'œuvre de Gian Girolamo Zanchi, supérieur provincial et général de l'Ordre.

La communauté a échappé à la première suppression napoléonienne, mais fut ensuite supprimée à la suite du décret Royal du 25 avril 1810. En 1817, l'ancien Collège a été utilisé comme séminaire patriarcal, sis auparavant à Saint-Cyprien de Murano.

Bien que cette basilique n'ait pas d'importance culturelle particulière, elle est célèbre, et souvent représentée sur les peintures et photographies de Venise en raison de son emplacement et de son apparence distinctive.