Seychellit mainitaan portugalilaisten kartoissa ensimmäisen kerran vuonna 1505, joskin arabit ovat ilmeisesti tunteneet saaret huomattavasti aiemmin. Ensimmäinen eurooppalainen saarilla oli portugalilainen Vasco da Gama, joka saapui sinne vuonna 1502. Saarilla ei silloin asunut ketään. Astuessaan saarien hiekkarannoille portugalilaiset luulivat löytäneensä Edenin puutarhan.[1][2] Saarten sijainti Intian ja Euroopan välillä oli tärkeä, ja merirosvot pitivät saaria hallussaan, kunnes britit ja ranskalaiset karkottivat heidät 1700-luvulla. Kuuluisa merirosvopäällikkö Oliver de Vasseur toimi näillä vesillä ja tarinan mukaan piirsi aarteestaan kartan ennen kuin joutui hirtetyksi. Merirosvojen tarunomaista aarretta etsitään vielä nykyäänkin.[3]

Ensimmäiset ranskalaiset asettuivat saarille vuonna 1742 ja ottivat ne haltuunsa vuonna 1756. Saarille tulleet ranskalaiset siirtolaiset alkoivat viljellä kookospähkinöitä ja mausteita. Saarilta vietiin puutavaraa Ranskaan laivanteollisuuden tarpeisiin. Saaret saivat nimen Isle de Séchelles Ludvig XV:n valtiovarainministerin Jean Moreau de Séchellesin mukaan[4]. Saarten nimi myöhemmin muutettiin englanninkieliseen muotoon Seychelles eli suomeksi Seychellit.[4][5] Yhdistynyt kuningaskunta alkoi ottaa saaria haltuunsa 1700-luvun lopussa ja sai ne itselleen 1800-luvulla. Seychellejä hallittiin Mauritiukselta, kunnes saarille nimitettiin oma kenraalikuvernööri. Vuonna 1903 saarista tuli Britannian kruununsiirtomaa.[5]

Vuonna 1964 Seychelleille perustettiin ensimmäiset poliittiset puolueet.[5]Kesäkuussa 1976 saarista tuli itsenäinen valtio, jonka ensimmäiseksi presidentiksi tuli James R. Mancham. Hänet kuitenkin syrjäytettiin vuonna 1977, jolloin entinen pääministeri France-Albert René tuli valtaan. Vuonna 1978 hallitus julisti saarille sosialistisen yksipuoluejärjestelmän.[5] Järjestelmää tuki Neuvostoliitto, Tansania ja Pohjois-Korea, jotka antoivat maalle sotilaallista neuvontaa. Monipuoluejärjestelmä palautettiin vuonna 1991 ja ensimmäiset vapaat vaalit järjestettiin vuonna 1993. Vuonna 1998 Renén puolue Progressiivinen kansanrintama (Seychelles People’s Progressive Front, SPPF) sai 34 parlamenttipaikasta 30. Vuoden 2002 vaaleissa progressiivinen kansanrintama voitti jälleen, mutta opposition kansallispuolue kasvatti paikkalukunsa yhdestä yhteentoista.[5]

Huhtikuussa 2004 varapresidentti James Michel tuli Seychellien uudeksi presidentiksi sen jälkeen, kun Seychellejä yli 27 vuotta hallinnut presidentti France-Albert Rene oli helmikuussa 2004 yllättäen ilmoittanut luopuvansa presidenttiydestä. Rene kuitenkin jatkoi hallitsevan vasemmistolaisen SPPF- puolueen johdossa. Renen itse valitsema seuraaja James Michel oli toiminut hallituksen ministerinä jo Renen sosialistisen diktatuurin aikana vuosina 1977-1993 ennen maan siirtymistä monipuoluedemokratiaan.[6]

Vuoden 2004 tapaninpäivän tsunami aiheutti Seychelleillä suhteellisen suuria tuhoja, sillä maan talous on voimakkaasti riippuvainen kalastuksesta ja turismista.[5][7] Vuonna 2006 SPPF:n James Michel voitti presidentinvaalit. Hän sai 54 prosenttia äänistä, kun opposition Wavel Ramkalawan sai 46 prosenttia ja riippumaton Philippe Boulle vajaan prosentin.[8]

Vuosina 2008–2009 Seychellit kamppaili velkakriisissä ja joutui turvautumaan kansainväliseen apuun. Maailmanpankki myönsi yhdeksän miljardia dollaria lainaa talouden tasapainottamiseen.[5]

Presidentinvaaleissa joulukuussa 2015 istuva presidentti James Michel voitti äärimmäisen niukasti uuden viisivuotiskauden saatuaan 50,2% äänistä toisella kierroksella.[9]

Syyskuussa 2016 presidentti James Michel ilmoitti eroavansa virastaan ja hänen tilalleen presidentiksi nousi varapresidentti Danny Faure. Tätä ennen oppositio eli Seychellien demokraattinen liitto oli voittanut 15 paikkaa maan parlamenttivaaleissa ja presidentti Michelin puolue oli saanut 10 paikkaa. Michelin puolue oli hallinnut parlamenttia 39 vuotta Seychellien valtapuolueena vuoden 1977 vallankaappauksesta lähtien.[10]

Lokakuussa 2016 Danny Faure vannoi virkavalansa maan uutena presidenttinä 12 vuotta vallassa olleen James Michelin seuraajana.[11]

Helmikuussa 2019 Seychellien vaikutusvaltainen entinen presidentti Albert Rene, joka oli toiminut maan presidenttinä yli 27 vuotta vuosina 1977-2004, kuoli 83-vuotiaana.[12]

Oppositiopoliitikko ja anglikaaninen pastori Wavel Ramkalawan voitti presidentinvaaleissa lokakuussa 2020 istuvan presidentin Danny Fauren. Tämä oli opposition ensimmäinen nousu valtaan vuoden 1977 vallankaappauksen jälkeen.[13]