Ensimmäinen tutkimusmatkailija saarilla oli todennäköisesti portugalilainen João Álvares Fagundes, joka rantautui sinne vuonna 1520. Jacques Cartier vaati niitä Ranskalle 14 vuotta myöhemmin. Saaren asuttivat 1600-luvun alussa 30 kalastajaa.[1] Ensimmäinen pysyvä kalastuskylä perustettiin vuonna 1604, ja ensimmäiset asukkaat olivat pääosin baskeja, normandialaisia ja bretoneita Ranskan länsiosista.[2]

Kun Britannia vaati saarten omistajuutta Utrechtin rauhassa vuonna 1713, saarilla ei ollut asutusta. Saaret luovutettiin uudestaan Ranskalle Pariisin rauhassa 1763. Ranska asutti saaret 350 Ranskasta karkotetulla henkilöllä. Britannia valtasi saaret Yhdysvaltain vapaussodan aikana vuonna 1793.[1] Ranskalla saaret palautettiin Pariisin rauhassa 1814.[2]

Vaikka saaret olivatkin hedelmättömiä, niistä tuli ranskalaisille tärkeä kalastuskeskus. Saint-Malosta lähti 1800-luvun puolivälin jälkeen vuosittain noin 4 000 ranskalaista kalastajaa 200 kuunarilla. Laivue kaatui vuonna 1904, kun Ranska menetti entente cordiale -sopimuksen myötä kalastusoikeudet Newfoundlandin rannikolla.[1]

Saarten talous koki nousukauden 1920-luvulla Yhdysvaltain kieltolain ansiosta. Siitä tuli viskin, viinin ja rommin salakuljettamisen keskus. Kieltolain kumoaminen vuonna 1933 aiheutti kuitenkin lama-ajan.[3]

Saarista tuli merentakainen territorio vuonna 1946 ja departementti 1976. Vuonna 1985 niiden asema muutettiin merentakaiseksi yhteisöksi, sillä departementtisopimus oli ristiriidassa Euroopan yhteisön tariffijärjestelmän kanssa.[2]

Kalastusteollisuus koki pahoja takaiskuja 1970-luvulla, kun se oli Kanadan kanssa riidoissa kalastuskiintiöistä ja aluevesistä.[3] Kansainvälinen välitystuomioistuin päätti vuonna 1992, että Saint-Pierre ja Miquelonin talousalue olisi 2 537 neliömeripeninkulman laajuinen. Kanada olisi rajoittanut saarten talousalueen 1 070 neliömeripeninkulmaan, kun taas Ranska oli vaatinut 14 500 neliömeripeninkulman aluetta.[1]