Puerto Princesa on kaupunki Filippiinien Palawanin provinssin suurimmalla saarella, Palawanissa. Se on maakunnan hallinnollinen keskus mutta on itse kuitenkin yksi Filippiinien 38:sta hallinnollisesti itsenäisestä kaupungista. Kaupungin asukasluku oli 255 116 vuonna 2015.

Kaupunki vastaa Puerto Princesan maanalaisen joen kansallispuistosta, jossa elää vaarantuneita ja uhanalaisia lajeja, muun muassa palawaninsarvinokka ja filippiinienkakadu.