Equatoria Tower.

 

Hotelli Jubassa valokuvassa vuodelta 1936.

Angloegyptiläisen Sudanin alkuvuosina nykyisen Etelä-Sudanin alueen hallinnollinen pääkaupunki oli Gondokoro. Juban perustivat kreikkalaiset kauppiaat vuonna 1922, jotka toimittivat tarvikkeita brittiarmeijalle.[1] Yhden tarinan mukaan kaupunki sai nimensä paikallisen heimopäällikkö Jubén mukaan, joka pakkosiirrettiin johtamansa kylän kera Juban rakentamisen tieltä.[2]

Alueen hallinnollinen pääkaupunki siirrettiin Gondokorosta Jubaan 1920-luvulla dinkojen vuosien 1919–1920 kapinoinnin jälkeen. Kreikkalaisia oli tuolloin noin 2 000 ja heillä oli suuri vaikutus kaupungin liikekeskustan rakennuksessa. 1920- ja 1930-luvuilla rakennettiin myös hotelleja ja rautatieasema. Vuonna 1947 kaupungissa järjestettiin Juban konferenssi, jossa päätettiin Etelä-Sudanin säilymisestä osana Sudania eikä sitä liitetty Ugandaan. Paikallisissa kouluissa käytettiin kuitenkin englantia ja Pohjois-Sudanin kauppiailta kiellettiin toiminta etelässä.[1]

Sudanin itsenäistyessä 1956 aloitettiin alueen arabialaistamistoimet. Sotilaat Toritissa olivat kapinoineet jo vuonna 1955, mikä aloitti vuoteen 1972 saakka jatkuneen Sudanin ensimmäisen sisällissodan. Sodan aikana Juba oli useaan otteeseen taisteluiden keskipisteessä.[1] Sisällissota alkoi uudestaan vuonna 1983 ja Etelä-Sudanin itsenäisyyttä tavoitelleet liikkeet yrittivät useaan otteeseen vallata Jubassa sijainneen sotilastukikohdan. Sota päättyi rauhansopimukseen vuonna 2005, jonka perusteella Etelä-Sudan sai itsehallinnon.[3] Etelä-Sudanin itsenäistyessä vuonna 2011 Jubasta tuli maan pääkaupunki.[1] Sittemmin on tosin esitetty ehdotuksia maan pääkaupungin siirtämisestä Ramcieliin Jubasta pohjoiseen.[2] Heinäkuussa 2016 presidentti Salva Kiirille ja varapresidentti Riek Macharille uskollisten joukkojen välisissä taisteluissa Jubassa sai surmansa 300 henkilöä ja taistelut ajoivat tuhannet pakolaisiksi.[4]