Espanjalainen konkistadori Diego Velázquez de Cuéllar perusti Havannan vuonna 1515 nimellä San Cristóbal de la Habana, tosin Kuuban etelärannikolle. Sijainti oli kuitenkin läheisten soiden ja moskiittojen vuoksi huono, joten kaupunki siirrettiin nykyiselle paikalleen pohjoisrannikolle vuonna 1519. Uuden paikan teki edulliseksi sen hyvin suojattu syvä luonnonsatama. Havanna laajeni ja tuli merkittäväksi, ja vuonna 1553 espanjalaiset tekivät siitä käytännössä Kuuban pääkaupungin siirtämällä kuvernöörin istuimen sinne.[1]

Havanna kärsi 1500-luvulla englantilaisten, ranskalaisten ja hollantilaisten merirosvojen ryöstöretkistä.[1] Bukaneerit polttivat kaupungin vuonna 1538, ja se ryöstettiin 1553 ja 1555.[2]

Espanjalaiset laivat alkoivat 1600-luvulla pysähtyä kaupungissa kulkiessaan kultalastissa Uudesta maailmasta Espanjaan. Sen seurauksena ulkovallat hyökkäilivät kaupunkiin ja saartoivat sen sataman moneen kertaan. Havannan kaupunginmuurit valmistuivat 1700-luvun alkuun mennessä. Vuonna 1762 britit valloittivat kaupungin ja pitivät sitä hallussaan kuusi kuukautta seitsenvuotisen sodan päättymiseen asti, jolloin Espanja sai sen takaisin.[1]

Englantilaismiehitys oli piristänyt Havannan kauppayhteyksiä Atlantin yli, ja kaupungista tuli tärkeä sokeri- ja orjasatama. 1700-luvun lopulla kaupunkiin alkoi muuttaa paljon väkeä muualtakin kuin Espanjasta. Kun orjuus lakkautettiin Kuubassa 1800-luvun lopulla, Havannaan alkoi muuttaa paljon mustaa väestöä.[1]

Yhdysvallat perusti kaupunkiin 1800-luvulla pienen mutta merkittävän kauppayhteisön. Kuuba itsenäistyi 1898, ja maan läheisten Yhdysvaltain-suhteiden seurauksena Havannaan tuli paljon amerikkalaista liiketoimintaa ja turismia, ja kaupunki alkoi muistuttaa yhdysvaltalaista kaupunkia.[1]

Fidel Castro otti Kuubassa vallan vuonna 1959. Hän aloitti yhteistyön Neuvostoliiton kanssa, minkä seurauksena Havannaankin tuli neuvostoliittolaisia aluksia, autoja ja tavaraa. Vanhakaupunki rapistui aluksi, kun Castro keskittyi sisämaan kehittämiseen, mutta 1980-luvulla vanhojakin kortteleita ryhdyttiin kunnostamaan, kun vanhakaupunki lisättiin Unescon maailmanperintöluetteloon. Havannan talous kärsi pahoin Neuvostoliiton hajoamisesta 1991.[1]

Vaikka vanhakaupunkia kunnostettiinkin 1980-luvulla, muu Havanna on nykyisin huomattavan ränsistynyt. Rakennuksia sortuu usein, ja kadut ovat täynnä kuoppia. Kaupunki on myös paikoin ylikansoitettu. Vanhojen talojen lisäksi entisajoista muistuttavat yhä käytössä olevat vanhat yhdysvaltalaiset autot.[3]

Risteilyt Floridan ja Havannan välillä aloitettiin 50 vuoden tauon jälkeen vuonna 2016.[4]