Nuorta naista esittävä Faijumin muotokuva toiselta vuosisadalta jaa.

Faijumin alueella on ollut ihmisasutusta jo esihistorialliselta ajalta lähtien ja sen seudulla sijaitsevat jotkin Pohjois-Egyptin varhaisimmista tunnetuista maatalousalueista. Egyptologit tuntevat sen kuitenkin erityisesti muinaisen Egyptin Keskivaltakunnan kaudelta, sekä myöhemmältä kreikkalais-roomalaiselta kaudelta. Keskivaltakunnan kaudella alueella tehtiin merkittäviä kastelujärjestelmien rakennushankkeita. Uskonnon saralla alue tunnettiin krokotiilipäisen jumalan Sobekin kulttialueena. Merkittäviä tuon ajan monumentteja alueella ovat Mediner el-Faijumin, Medinet Maadin ja Biahmun temppelit, sekä Amenemhet III:n pyramidikompleksi Hawarasa.[1]

Alueella oli huonommin tunnettua asutusta Uuden valtakunnan kaudella ja myöhemmillä kausilla, mutta paremmin se tunnetaan hellenistiseltä kaudelta. Ptolemaios II rakennutti alueelle useita uusia asutuskeskuksia, ja kukoistus jatkui roomalaiskaudella. Tunnettuja kreikkalais-roomalaisia keskuksia olivat esimerkiksi Karanis, Soknopaiou Nesos, Tebtunis, Narmouthis ja Krokodeilopolis.[1] Faijumin muotokuvat ovat keitaalta löydettyjä muotokuvia, joita oli tapana asettaa muumioiden kasvoille. Tapa on ollut alkujaan egyptiläinen, mutta maalauksiin omaksuttiin hellenistinen naturalistinen tyyli.[2] Huomattava osa alueen asutuskeskuksista hylättiin 300-lukuun jaa. mennessä. Muutamien kaupunkien asutus kuitenkin jatkui ja niistä tuli huomattavia kristinuskon keskuksia.[1]

Arabit valtasivat Faijumin alueen ilmeisesti ilman suurempia vaikeuksia heidän valloittaessaan Egyptin. Vielä pitkään arabien saapumisen jälkeen paikalla oli merkittäviä koptilaisia keskuksia. 1200-luvulla kirjoittanut Abu Salih mainitsee alueella olleen aikanaan (ennen omaa aikaansa) 35 luostaria. Aluetta kehitettiin jälleen Muhammad Alin perustaman dynastian kaudella. Rautatie saapui alueelle vuonna 1874 liittäen tuohon saakka melko eristyneen alueen Niilin laaksoon. Maataloutta kehitettiin ja uudeksi maanviljelyksen valtakasviksi tuli puuvilla.[3]