Paikallinen moskeija.

Espanja valtasi nykyisen Länsi-Saharan vuonna 1884 ja virallisesti alue myönnettiin sille Berliinin konferensissa 1884–1885.[1] Kaupunki perustettiin erämaahan 1930-luvulla.[2] Vuodesta 1940 vuoteen 1976 se oli Espanjan hallitseman Länsi-Saharan pääkaupunki.[3]

Länsi-Saharan asukkaat eli sahrawit olivat perustaneet Polisario-järjestön espanjalaisia vastaan. Liikkeen tavoitteena oli saavuttaa Länsi-Saharan itsenäisyys. Espanjalaisten vetäytyessä alueelta Marokko päätti liittää sen itseensä.[1] Liitosta ei ole tunnustettu kansainvälisesti, mutta Marokko teki kuitenkin El Aaiúnista Laâyounen maakunnan pääkaupungin.[3] Polisario aloitti vuosia kestäneen sodan marokkolaisia vastaan. Taistelujen aikana huomattava osa El Aaiúnin alkuperäisestä väestöstä siirtyi pakolaisleireille Algeriaan.[1] Osapuolten välillä solmittiin tulitauko vuonna 1991 ja konfliktia on sittemmin kuvailtu jäätyneeksi. El Aaiún on ollut tulitaukovuodesta YK:n Länsi-Saharan rauhanturvaoperaation eli MINSURO:n joukkojen tukikohta.[2]

Lokakuussa 2010 joukko sahrawilaisia aktivisteja pystytti Gdeim Izik -nimisen mielenosoitusleirin aavikolle hieman El Aaiúnista itään. Marokkolaiset turvallisuusjoukot hajottivat leirin saman vuoden marraskuussa. Tapahtumia on kuvailtu joskus arabikevään aluksi.[2]