Nimi Bora Bora juontaa juurensa pitkälle historiaan. Ennen eurooppalaisten saapumista saarta kutsuttiin nimellä Vavau tai Mai Te Pora, eli pimeydestä noussut tai jumalien luoma, koska legendan mukaan saari oli alueen ensimmäinen, joka nousi merestä. Ensimmäiset asukkaat saapuivat saarelle 800-luvulla ja James Cook ankkuroi laivansa saaren edustalle vuonna 1769. Vuonna 1842 Ranska otti saaren haltuunsa. Bora Bora oli Yhdysvaltain tukikohtana toisen maailmansodan aikana, Pearl Harborin pommitusten jälkeen. Suuri osa saaren teistä ja vesijohtoverkosta on yhdysvaltalaisten sotilaiden rakentamia. Saaren silloiset asukkaat ottivat sotilaslaivaston lämpimästi vastaan kanooteillaan ja lannevaatteissaan. Ensimmäinen hotelli saarelle rakennettiin 1967.