Balin pohjoisosista löytyneiden kivityökalujen perusteella Balin on päätelty olleen asuttu jo neoliittisella kaudella.[1] Varhaisimmat Balilta löytyneet todisteet ihmisasutuksesta ovat noin 3 000 vuoden takaa. Varmasti tiedetään, että saari oli asutettu jo ennen pronssikauden aikaa.[2][3] Yksi varhaisimpia todisteita Balin asutuksesta on Pedjengin kuuksi nimetty pronssirumpu, joka löydettiin Balin Pedjengin läheltä. Sen arvellaan olevan noin 2 000 vuotta vanha. Rituaalisessa gongirummussa on vaikutteita vietnamilaisesta muotoilusta, mutta Balilta löydettyjen kivimuottien perusteella on arveltu että se on saatettu valmistaa alueella.[4] Ensimmäisten asukkaiden arvioidaan saapuneen alueelle eteläisen Kiinan alueelta noin 4 500 vuotta sitten.[5]

Balin kulttuuri sai 100-luvulta lähtien vaikutteita Jaavan kautta tulleesta intialaisesta kulttuurista. Tuon aikaisista intialaisista kirjoituksista on löytynyt merkintöjä Balin saaresta. Tänä aikana on arvioitu hindulaisuuden uskonnollisten ja kulttuuristen tapojen saapuneen Balille.[6][3]

Balia ja sen itäpuolella sijaitsevaa Lombokia hallitsivat 900–1000-lukujen vaihteessa jaavalaiset hindukuninkaat. Balia hallitsi vuosina 1019-1045 kuningas Airlangga, ja alue kuului itäjaavalaiseen Kahuripan kuningaskuntaan.[3][7] Kahuripanin historia oli lyhytaikainen, sillä Airlanggan kuoltua valtakunta jakautui hänen kahdelle pojalleen läntiseen Kediriin ja itäiseen Janggalaan. Airlanggan kuoleman jälkeen Bali säilyi kuningaskunnan puoli-itsenäisenä osana, kunnes Singhasarin kuningaskunnan hallitsija Kertanagara valloitti Balin vuonna 1284.[3][8] Hänet valtansa kesti vain kahdeksan vuotta, sillä Kertanagara murhattiin vuonna 1292, hänen valloittamansa Kedirin kuningaskunnan kapinoidessa Singhasaria vastaan. Kertanagaran kuoltua Singhasarin valtakunta romahti ja hänen perillisensä perusti Majapahitin valtakunnan, jonka onnistui kukistaa Kedirin kapina mongolivaltakunnalta saamansa tuen avulla.[3][8][7]

Majapahitin kuningaskunnan vaikutusvalta ulottui Jaavalta myös Balille, kun vuonna 1343 Majapahitin pääministeri Gajah Mada palautti Majapahitin vallan.[3][8] Majapahitin kuningaskunnan aikana Bali alkoi saada voimakkaita vaikutteita Jaavalta levinneestä hindulais-buddhalaisesta kulttuurista. Jaavan saari oli tuolloin suurimmalta osaltaan hindulainen.[3][5]

Majapahitin kuningaskunta alkoi heiketä Gajah Madan kuoleman jälkeen vuonna 1364. Maa ajautui sisäisiin sotiin 1400-luvun alussa ja maa alkoi hajota pienempiin osiin. 1500-luvulla Majapahitin valtakunta kukistui lopullisesti kun islamilainen Demakin sulttaanikunta valloitti sen.[9][10][8][7] Majapahitin hajoamisen ja islamin leviämisen seurauksena monet Majapahitin hindut pakenivat Jaavalta Balille. Balin kulttuuri sai näin voimakkaita vaikutuksia itäjaavalaisesta kulttuurista, kun osa jaavalaisesta hindupapistosta ja aristokratiasta onnistui pakenemaan Balille. Balista muodostui näin hindulainen saareke nopeasti islamilaistuvassa Malaijien saaristossa. Balin omaperäinen hindukulttuuri on säilynyt meidän päiviimme asti.[3][5][7][1]

1500-luvulla Balin saari yhdistyi Gelgelin valtakunnaksi, mikä edisti hindulaisuuden elpymistä. Jaavalla taas islamiin kääntynyt saari hajosi useiksi pieniksi sulttaanikunniksi. Balilla islamiin ei suhtauduttu vihamielisesti, mutta sen leviämistä vastustettiin. Balilla suhtauduttiin islamilaisiin jaavalaisiin naapureihin hyvin varautuneesti ja saari pysyi muusta, muslimien hallitsemasta saaristosta erillään. Jako näkyy Indonesiassa nykyäänkin. Balilla hindulaisuus uudistui ja syntyi kastijärjestelmä, jossa papisto, ylimystö ja kuninkaat muodostivat ylimmän kastin, he elivät tiukasti erillään tavallisesta rahvaasta.[11]

Gelgelin vaikutusvalta ulottui laajimmillaan Jaavan itäosiin, sekä lähisaarille Lombokille ja Sumbawalle. 1600-luvun puolivälissä Gelgelin valtakunta luhistui ja hajosi useaan pieneen valtakuntaan, mutta ainutlaatuinen balilainen kulttuuri säilyi. 1700-luvulla saarella oli seitsemän itsenäistä kuningaskuntaa.[11][5]

Ensimmäiset eurooppalaiset saapuivat saarelle vuonna 1597 alankomaalaisen Cornelis de Houtmanin retkikunnan mukana.[2][5] Hollantilaisten kiinnostus Malaijien saariston saaria, ja niiden mukana Balia, kohtaan kasvoi 1700-luvulla, samoihin aikoihin kun Gelgelin kuningaskunta alkoi hajota. Hollantilaisten siirtomaavallan pääpaikka oli Jaavalla sijainnut Batavian, nykyinen Jakarta, jonka he olivat valloittaneet vuonna 1619 Bantenin sulttaanikunnalta.[12][13] Hollantilaiset pyrkivät ottamaan hallintaansa Jaavan itäpuoliset saaret, Bali mukaan lukien, luodakseen suojakilven Jaavan turvaksi.[14]

Hollantilaiset pyrkivät ottamaan Balin Hollannin Itä-Intian kauppakomppanian hallintaan, mutta he eivät onnistuneet murtamaan balilaisten vastarintaa.[5][6] Ensimmäiset hollantilaisten hyökkäykset Balille vuosina 1846 ja 1848 eivät aiheuttaeet muutoksia alueen hallinnassa. Vuonna 1849 hollantilaisten onnistui saada haltuunsa Balin pohjoisosa.[5][2] Vuonna 1894 hollantilaisten onnistui saada Balin naapurisaari Lombok hallintaansa, mutta koko Balia he eivät saaneet hallintaansa ennen 1900-luvun alkua.[5]

 

Balilaisia vainajia hollantilaisten hyökkäyksen jälkeen Denpasarissa vuonna 1906.

 

Puputanin muistomerkki.

Hollantilaisjoukot lähetettiin Balille vuonna 1906 ottamaan saari hallintaansa. Hollantilaiset pommittivat Denpasarin kaupunkia mereltä ja joukot astuivat maihin Sanurin tienoilla. Balin hallitsijat ymmärsivät pian että heillä ei tulisi olemaan mahdollisuuksia raskaasti aseistautuneita eurooppalaisia vastaan.[5][3][14] Antautuminen ja maanpakoon lähteminen olisi kuitenkin ollut pahin mahdollinen tulos, joten Balin hallitsijat päättivät tehdä itsemurhahyökkäyksen, puputanin, hollantilaisia valloittajia vastaan ja antautua itse murhattaviksi.[5][3] Hollantilaisjoukot ampuivat heitä kohti tulevat vain keihäin ja tikarein aseistautuneet balilaiset ylimykset, heidän joukossaan naisia ja lapsia, jotka pysähtyivät vain surmaamaan haavoittuneet toverinsa. Balin puputanissa kuoli arviolta 4 000 ihmistä.[1][3][15] Samankaltaisten tapahtumien seurauksena hollantilaisten vallan alle joutui koko Balin saari vuonna 1908, kun muut saaren kuningaskunnat joutuivat hyväksymään hollantilaisten ylivallan ja koko saari joutui osaksi Hollannin Itä-Intiaa.[16][15]

Balin tapahtumat, sekä samankaltaiset tapahtumat Lombokilla vuonna 1894, olivat yksi syy siihen miksi Hollanti sai hallintaansa vuosina 1898–1911 noin kolmesataa pientä valtiota nykyisen Indonesian alueella. Monet alueen hallitsijat alistuivat eurooppalaisten valtaan Balin ja Lombokin tapahtumat mielessään. Verilöyly on yksi järkyttävimmistä osoituksista, miten eurooppalaisten aseellinen ja teknologinen ylivoima teki siirtomaahallinnon mahdolliseksi.[14]

Balin hovien jäsenet tuhoutuivat verilöylyn seurauksena, mutta rikas hindukulttuuri jatkui kyläyhteisöjen vaalimana. Puputan on balilaisessa kulttuurissa eräänlainen historiallinen merkkipaalu.[2][15]

Hollantilaisvallan alla Balilla alkoi kansainvälinen turismi. Hollantilaiset ymmärsivät saaren kauneusarvon, jolloin syntyi Balin maine myyttisenä trooppisena paratiisisaarena. Balilaisille hollantilaisten siirtomaavallan alla olo tarkoitti kuitenkin lähes orjuuden kaltaisia oloja ja siirtomaahallinnon byrokratian vallan alle alistumista.[2][15][16]

 

Balilaisten kansallissankarin I Gusti Ngurah Rain patsas.

Japani miehitti Balin toiseen maailmansotaan kuuluneessa Tyynenmeren sodassa vuonna 1942. Japanilaisten miehitys Balilla kesti kolme vuotta, kunnes sota päättyi japanilaisten antautumiseen vuonna 1945.[6][1]

Sodan jälkeen Indonesian presidentiksi julistautunut Sukarno julisti Indonesian itsenäiseksi valtioksi elokuussa 1945. Indonesian valtion muodostivat entisen Hollannin Itä-Intian alueet.[17] Pienet Sundasaaret ja Bali sen mukana, sekä Molukit ja Sulawesi muodostivat Itä-Indonesian tasavallan.[2]

Alankomaat ei hyväksynyt siirtomaansa itsenäistymistä ja hollantilaisjoukot miehittivät Indonesian keskeisimmät alueet, Jaavan ja osia Sumatrasta.[17] Balilla taas käytiin Margan taistelu 20. marraskuuta 1946, jossa mieliin palautui vuosisadan alun puputan-verilöyly. Balilaiset nousivat vastarintaan hollantilaisia vastaan japanilaisilta jääneiden aseiden turvin, mutta eurooppalaisten ylivoimalle he eivät voineet mitään. Taistelussa sai surmansa 94 balilaissotilasta. Balilla sijaitseva Ngurah Rain kansainvälinen lentoasema on saanut nimensä surmansa saaneen sotilasjohtajan ja balilaisten kansallissankarin I Gusti Ngurah Rain mukaan.[3][1][18]

Indonesian itsenäisyyssota muuttui sissisodaksi ja hollantilaiset huomasivat, että Jaavan ja Sumatran viidakoissa piileskeleviä sissiarmeijoita on vaikea kukistaa. Lisäksi sota tuli hollantilaisille hyvin kalliiksi. Yhdysvallat arvosteli myös hollantilaisten toimintaa Indonesiassa ja asettui tukemaan Indonesian itsenäisyyttä. Yhdysvallat näki Indonesian ja sen presidentti Sukarnon kommunismin vastaisena maana ja kylmän sodan hengessä yhdysvaltalaiset pelkäsivät, että siirtomaavallan hallinto saattaisi aiheuttaa Neuvostoliitolle myönteisen vallankumousyrityksen. Lisäksi Hollannin armeijaa tarvittiin yhdysvaltalaisten mielestä sodan jälkeen raunioina olevan Euroopan jälleenrakentamiseen ja Neuvostoliiton vaikutusvallan kasvun estämiseen. Yhdysvallat uhkasi jättää Hollannin Länsi-Euroopan maille tarjoamansa Marshall-avun ulkopuolelle ja hollantilaiset painostettiin vetäytymään Indonesiasta.[17]

YK:n ja Yhdysvaltain painostuksen alaisena hollantilaiset suostuivat tunnustamaan Indonesian itsenäiseksi vuonna 1949, neljän vuoden sissisodan jälkeen.[17][1][19][20] Indonesian itsenäistyttyä Balista tuli Indonesian provinssi.[18][6]

Balin ensimmäiset vuosikymmenet Indonesian osana eivät sujuneet rauhallisesti. Vuonna 1963 Agung-tulivuoren purkauksessa kuoli tuhansia ihmisiä ja purkaus ajoi monet balilaiset muuttamaan kotisaareltaan muihin Indonesian osiin osana transmigrasi-asutusohjelmaa.[3][18][6]

Kaksi vuotta myöhemmin kapinallissotilaat nousivat Jakartan hallintoa ja presidentti Sukarnoa vastaan ja tekivät epäonnistuneen vallankaappausyrityksen Jaavalla syyskuussa 1965. Indonesian armeija syytti vallankaappausyrityksestä kommunisteja ja Indonesian kommunistisen puolueen (PKI) kannattajia. PKI:n mukaan kyseessä oli armeijan sisäinen valtataistelu, jota käytettiin tekosyynä kommunistien vainolle. Indonesian armeijassa katsottiin kenraali Suharton johdolla että kommunismi oli kukistettava. Maan armeija aloitti valtaisat puhdistukset, jotka levisivät myös Balille.[21]

Balista tuli näyttämö yhdelle verisimmistä antikommunistien tekemistä joukkosurmista. Koko Indonesian alueella väkivaltaisuuksissa kuoli kaikkiaan noin miljoona ihmistä. Pelkästään Balilla on arvioitu saaneen surmansa noin 100 000 ihmistä.[18][6][21] Tarkkoja uhrilukuja ei ole saatu selville ja oikeudellisesti asiaa ei ole käsitelty. Balilla on monia merkitsemättömiä, mutta tunnettuja vainojen uhrien joukkohautoja.[18][3] Kommunistien joukkomurhista on Indonesiassa vaiettu, eikä syyllisiä ole saatu oikeuden eteen.[22][23][6]

1960–1970-luvuilla Balilla alkoi moderni kansainvälinen turismi.[3][24] Matkailu on tuonut saarelle monia muutoksia, se on tarjonnut balilaisille paremman toimeentulon, televiestinnän, koulutuksen ja terveydenhuollon sekä paremman tieverkoston. Vaikka matkailu on tuonut Balille myös haitallisia ympäristö- ja sosiaalisia vaikutuksia, Bali on onnistunut ylläpitämään omaa myönteistä imagoaan muun Indonesian ongelmien keskellä.[3][15] 1990-luvulta lähtien Balilla on vastustettu joitakin kiistanalaisia matkailukeskuksia, mikä osoittaa että balilaiset haluavat entistä aktiivisemmin kehittää omaa saartaan.[3]

Bali on noussut yhdeksi maailman tunnetuimmista matkakohteista viime vuosikymmeninä, mutta se joutunut kosketuksiin myös terrori-iskujen kanssa jotka ovat vaurioittaneet sen mainetta trooppisena paratiisisaarena.[25] Lokakuussa 2002 Kutan kaupungissa sijainneeseen yökerhoon tehtiin pommi-isku, jossa kuoli 202 henkilöä. Suurin osa uhreista oli turisteja, heistä 88 oli kotoisin Australiasta.[26] Toinen terrori-isku tehtiin kolme vuotta myöhemmin, lokakuussa 2005 Kutassa ja Jimbaranissa. Itsemurhapommittajat räjäyttivät kolme eri pommia ja terrori-iskussa sai surmansa 23 ihmistä, mukaan lukien terroristit.[27][24]

Terrori-iskut vahingoittivat joksikin aikaa Balin taloutta matkailijoiden määrän laskiessa, mutta Bali on noussut nopeasti jaloilleen suosittuna matkakohteena.[24][15]