نظرات مختلفی من باب ساخت این صومعه وجود دارد. عده زیادی معتقدند که این بنا توسط ایوان ریلا و شاگردانش قبل از قرن ۱۰ میلادی ساخته شده‌است. مدتی پس از احداث، این مکان تبدیل به مرکز فرهنگی منطقه شد و از طرف پادشاهان بلغارستان مورد احترام قرار گرفت. به‌طور کلی هر امپراتوری که به قدرت می‌رسید، با اختصاص بودجه سعی می‌کرد تا این صومعه را مورد احترام قرار دهد. دروازه ورودی ریلا یادگاریست از حمایت پادشاهان در قرن ۱۲ تا ۱۴ میلادی.

با هجوم ترکان عثمانی، قسمت‌هایی از این عبادتگاه از بین رفت. هجوم عثمانی‌ها و عدم حمایت مالی از این بنای تاریخی سبب شد تا قسمت‌های بیشتری از آن در گذر زمان نابود شود و رفته رفته اهمیت خود را از دست بدهد.

این مکان مقدس در زمان احیای فرهنگ بلغاری یا بیداری ملی بلغارستان (قرن ۱۸ و ۱۹)، توسط افرادی ناشناس به آتش کشیده شد. پس از این واقعه ثروتمندان با هزینه شخصی، اقدام به مرمت این صومعه کردند. توجه حکومت و ثروتمندان سبب شد تا ریلا در کنار کوهی به همین نام بار دیگر مود توجه مردم قرار بگیرد.

در تاریخ ۲۵ مه ۲۰۰۲ پاپ یوحنا پولس دوم در کنار سفرش به بلغارستان از صومعه ریلا بازدید کرد. این در حالی بود که سال‌ها قبل با تلاش سیاستمداران بلغاری، این مکان در لیست رسمی یونسکو قرار گرفته بود.