جزایر سقطرا در دوران باستان دیوسکوریدس Dioscorides نامیده می‌شد و برای یونانیان، مصریان و رومیان شناخته شده بود. در انجیل نیز نام این جزایر آورده شده‌است. مردمان جزیره مدت‌ها پیرو آیین مسیحیت نسطوری بودند که در سدهٔ شانزدهم به کیش اسلام گرویدند.

در قدیم مسافران سرزمین‌های آفریقایی از راه جزیره سکوترا عبور می‌کردند و بیشتر مردمان آن مسیحیان عرب بودند. آنچه آنها را به سکونت در این جزیره جذب می‌کرد ماده‌ای به نام صَبـِر و خون سیاوشان بود. این ماده، صمغ درختی بود که جز در این جزیره در جای دیگر نمی‌رویید. حتی ارسطو در نامه‌ای که به اسکندر مقدونی در هنگام ورود به شام فرستاد، توصیه کرد که گروهی از یونانیان را برای به دست آوردن خون سیاوشان برای داروی مسهل استفاده می‌شود در این جزیره سکونت دهد. هنگامی که اسکندر به این جزیره رسید تعدادی از یونانیان شهر استاگیرا (شهر ارسطو) را با کشتی‌هایی که به دریای قُلزُم روانه کرد در این جزیره سکنی داد.

در زمان چیرگی روم بر مصر و دریای سرخ، شمار زیادی از رومیان در این جزیره ساکن شدند و بر قبایل بربر، یونانیان دوره اسکندر، عرب‌های نصرانی پیروز شدند. آنها در این جزیره عنبر و صبر سقطری فراوان به دست می‌آوردند و به روم صادر می‌کردند. رومیان تا دوره اسلامی هنوز در این جزیره به بهره‌برداری این مواد مشغول بودند و بازرگانی این کالاها در دست آنها بود.[۱]

 

 

آلبوکرک دریاسالار پرتغالی این جزایر را در سال ۱۵۰۷ گشود، اما در سال ۱۵۱۱، سلطان مَهره این جزایر را از فرمان پرتغال خارج ساخت. در سال ۱۸۸۶ جزایر سُقُطرا به بریتانیا تعلق گرفت.

بریتانیا از این جزیره به عنوان یک پایگاه دریایی استفاده می‌کرد؛ که پس از استقلال دولت یمن جنوبی به این کشور واگذار شد.