تاریخ مالاگا حدود ۲۸۰۰ سال را در بر می‌گیرد و آن را به یکی از قدیمی‌ترین شهرهای اروپا و یکی از قدیمی‌ترین شهرهای دائماً مسکونی در جهان تبدیل می‌کند. به گفته بیشتر پژوهندگان، این شهر حدود ۷۷۰ پیش از میلاد توسط فنیقی‌ها و به نام مالاکا تأسیس شد. از قرن ششم قبل از میلاد، این شهر تحت هژمونی کارتاژ باستان بود و از سال ۲۱۸ پیش از میلاد تحت حکومت جمهوری روم و سپس امپراتوری مالاکا (لاتین) قرار گرفت. پس از سقوط امپراتوری و پایان حکومت ویزیگوت‌ها، به مدت ۸۰۰ سال با نام عربی‌شده مالقة زیر حکومت اسلامی بود، اما در سال ۱۴۸۷، شاه کاستیل در بحبوحه جنگ غرناطه کنترل را به دست آورد. بقایای باستان‌شناسی و بناهای تاریخی دوران فنیقی، رومی، عربی و مسیحی، مرکز تاریخی شهر را به یک «موزه باز» تبدیل کرده است که تاریخ نزدیک به سه‌هزارساله این شهر را به نمایش می‌گذارد.