باشگاه فوتبال سن پائولی (به آلمانی: Fußball-Club St. Pauli) باشگاه فوتبال آلمانی است که در شهر هامبورگ قرار دارد.

باشگاه سن پائولی در ۱۵ مه سال ۱۹۱۰ تأسیس شده است.

این باشگاه علاوه بر فوتبال در ورزش‌های راگبی فوتبال آمریکایی، بیسبال بولینگ، بوکس ، شطرنج، دوچرخه سواری، هندبال سافتبال و تنیس روی میز نیز فعالیت دارد.