K. a. 1100. urtean sortu zuten hiria; tuareg nomaden geralekua zen. XIII. mendean Maliko Inperioaren barnean zegoen eta hango sultanak Djingareyber Mezkita Handia eta Madugu errege jauregia eraiki zituen. XIV. mendean, Mansa Musa Maliko Inperioko hamargarren mansaren garaian, aberastu zen; garai hartan urrea eta esklaboak salerosten ziren hirian. 1591. urtean Marokok inbaditu zuen eta gainbehera etorri zen hiriaren oparotasuna. XVI. eta XVII. mendeetan hiriburu kultural eta espirituala izan zen eta Islamaren hedapen-gunea. 1855ean, Alemaniako Heinrich Barth esploratzailea hiriraino iritsi zen Tripolitik hasita[1]. 1893. urtean frantsesek hartu zuten eta 1960. urtean Maliko Errepublikako hiri bihurtu zen.

2012ko tuareg matxinadaren ondoren, MNLAk Azawaden independentzia adierazi zuen, Timbuktu barne[2]. Luze gabe, ordea, Ansar Dine, Islamiar Magrebeko Al Kaida (AQMI)) eta Mendebaldeko Afrikan Batasun eta Jihadaren aldeko Mugimendua (MOJWA) talde islamista erradikalen esku gelditu zen hiriaren agintea, eta xaria ezarri zuten[3]. 2013ko urtarrilaren 28an, Maliko gobernuaren armadak berreskuratu zuen hiria, frantziar tropen laguntzaz[4].