XV. mendean eraman zuen Shirvanshah dinastian Shirvango Ibrahim lehenak estatuko hiriburua Shemakhatik Bakura. Garai berdinean ekin zion jauregiaren eraikuntzari. Pentsatzen denez, eraikin hau egin zen gurtzarako erabilitako leku sakratu baten (pir) eta Seyyid Yahya Bakuvi santu sufi helwatiaren ehorztokiaren inguruan hauen oroimenez. Shirvanshah-ak sufi halwati ordeneko ugazabak ziren. Khalilullah lehena Shirvanshah-a jauregiaren lurretan lurperatua izan zen bere familiarekin batera. Beste historialari batzuek arrazoitzen dutenez, eraikina gobernatzailearen jauregi bezala erabili zen, nahiz eta bi teoriek ebidentzia falta duten. Hala ere, ezaguna da jauregi barneko lurretako putzuek ezaugarri sendagarriak dituztela pentsatua zela duela gutxi arte, baita jauregia eraiki zen muinoa ere.

Bakuren safavidatar konkistaren ondoren 1501. urtean, kanporatua izan zen ordena sufia eta jauregia hondatzen hasi zen igarotako mendeen ondorioz. Bakuko Khanen jauregia bezala ezaguna izan zen hirian; toponimo hau errusiar historiografiara pasa zen eta lehen aldiz aipatua izan zen Bartolden eskutik.