Feniziar kolonoek fundatu zuten hiria K.a. 1100. urte inguruan. Hala ere, K.a. IX. mendean Kartago Mediterraneo itsasoko potentzia bihurtu zenean hartu zuen garrantzia hiriak. Kartagoren parte izan zen Hirugarren Gerra Punikoaren amaiera arte, eta Erromatar Errepublikakoa egin zuten K.a. 146. urtea eta gero, nahiz eta hiri independentetzat zuten K.a. 200. urteaz geroztik.

Leptis Magna Erromaren zati izan zen Tiberio enperadorearen erregealdira arte. Orduan, Leptis Magna eta inguruak Afrikako erromatar probintzia bihurtu ziren ofizialki. Garai hartan, merkataritzagune garrantzitsua zen, baina goren aldia K. o. 193. urtean heldu zitzaion, sortzez Leptis Magnakoa zen Luzio Septimio Severok inperioko tronua bereganatu zuenean. Izan ere, Severo enperadore izan zen denboraldian, eraikin eta altxor piloa eraikiarazi zituen hain maite zuen sorterrian. Hala, Afrikako hiri nagusietakoa bihurtu zuen Leptis Magna, Kartago eta Alexandria hirien lehiakide.

K. o. III. mendeko krisialdian, merkataritza gainbehera etorri zenean, Leptis Magnak ere sufritu egin zuen. Horren ondorioz, IV. mendearen erdialderako, hiriaren zati handi bat bertan behera utzia zegoen. Gero, Teodosio I.aren erregealdian izan zuen berpizte antzeko bat.

K. o. 439. urtean, Leptis Magna eta Tripolitaniako gainerako hiriak bandaloen eskuetan erori ziren. Orduan, bandaloen Genseriko erregeak Kartago konkistatu, eta haien hiriburu egin zuen. Zoritxarrez, hiriko harresiak eraitsi zituen, Leptis Magnako herritarrak bandaloen kontra altxa ez zitezen. Horren ondorioz, K.o. 523.ean, berbere batzuek hiria arpilatu zuten, eta kalte handiak eragin zizkieten bai bandaloei bai bertako herritarrei ere.

Hamar urte geroago, Belisariok konkistatu zuen Leptis Magna Bizantziar Inperioaren izenean, eta bandaloen erreinua suntsitu zuen K. o. 534.ean. Hala, Bizantzioko Inperioaren probintzia-hiriburu bihurtu zen Leptis Magna, baina ezin izan zuen sekula berbereen kaltetik oneratu. Arabiarrek Tripolitania konkistatu zutenerako (K.o. 650) bizantziar soldatu-talde bat besterik ez zen gelditzen hirian.

Urteak joan eta urteak etorri, hondarrak azpian hartu zuen hiri ahaztua. XVII. mendean, hango materialak hartzeko ustiatu zuten frantziarrek: Saint-Germain des Présko abadiako aldare handia egiteko erabili zituzten zutabeak, esaterako. Gaur egun, Louvreko margolanen galeria handian daude.

XX. mendearen hasieran ekin zioten hiriko hondakinei azterketa arkeologikoa egiteari. Gaur egun, Leptis Magnako hondakinak Erromatarren Inperioko aztarna ikusgarrienetakoak dira. 1982an, gizateriaren ondare izendatu zuen Unescok Leptis Magna.