Juba Hotela 1936an.

XIX. mendean Gondokoro izeneko misio eta salerosketetarako gunea zegoen Juba ondoan, Otomandar Inperioaren azken postua zen hegoalderantz, soldadu bakan batzuek -askok malariak jota- okupatua. Ugandarako bidean Samuel Baker esploratzaile eta esklabotzaren kontrako aktibista ere bertan kokatu zen 1863tik 1865era eta 1871tik 1873ra[1].

1899tik 1956ra Erresuma Batua eta Egiptok sortutako egitura politikoaren menpean egon zen, Sudan osoa bezala. Britainiarrek Hego Sudan eta Uganda lotzeko zuten asmoak 1947an egindako Jubako Konferentziarekin zapuztu ziren, hortik egungo Sudanen batasuna atera zelako garaile. Hegosudandarren haserrea ere eragin zuen akordio horrek eta harrezkero ezegonkortasuna ia etengabea izan da; 1955ean hirian zeuden soldadu batzuen altxamenduak 1972 arte amaitu ez zen Sudango Lehen Gerra Zibilaren hasiera ekarri zuen. Sudango Bigarren Gerra Zibilaren garai luzeetan (1983-2005) Juba kokaleku estrategikoa izan zen eta borrokaldi ugari gertatu ziren bertan.

2005ean Sudanese People's Liberation Armyk (SPLA) hiria hartu zuen eta urte berean sinatutako bake itunaren arabera Hego Sudango hiriburua da, denbora batez behin-behinekoa Rumbek izan bazen ere. NBEren presentzia ere handituz joan zen, lehenago laguntza humanitarioa Kenyatik eraman behar zitzaielako oso egoera latza bizi izan zuten hegosudandarrei; Office for the Coordination of Humanitarian Affairs (OCHA) izenekoa antolatu zuen hirian eta apurka-apurka egoera hobetuz joan zen.

2011ko uztailaren 9tik Hego Sudango hiriburua da, independentzia aldarrikatu ostean.