1514. urtean, Diego de Velázquezen aginduz, San Cristóbal de la Habana herria sortu zen irlako hego kostaldean, Batabanotik gertu, baina haren kokalekua ez zen bizileku egokia; horrez gain, oso arriskutsua zen itsas nabigaziorako. Arrazoi horiek zirela eta, 1518. urtean berrogei eta hamar kolono iparraldera mugitu ziren, gaur egun Almendares ibaiaren uhubiaren ondoan. Hurrengo urtean, berriro kokalekuz aldatu eta gaur egungo tokira joan ziren, badiaren babespean.

Indiako flotak Habanan gelditzen ziren, bidaian hasteko eguraldi onaren zain; beraz, bertan denbora luzea eman behar zuten eta garraiatzen zituzten bitxiek eta merkantziek jende anitz erakartzen zuten. Biztanleak gehiago zirenez, kultiboak emendatuz joan ziren, batez ere esklabo beltzak erabiltzen zituzten lan gogorretarako. Haietan tabakoa nagusitu zen, eskari handia baitzegoen. Hiria garatuz joan zen eta bestelako industriak sortu ziren, hala nola, ontzitegiak eta ontziak konpontzeko industriak.

1553an, Habana Kubako hiriburu bihurtu egin zen eta horrek hazkundea bizkortu zion. Horrexegatik, piraten helburu izan zen: 1555. urtean, Jacques de Sores pirata frantziarrak suntsitu eta uztak erre zituenez, Kubako gobernadoreek Habanan gotorlekuak eraikiarazi zituen, piratengandik babesteko.

Handituz zihoan zen heinean, Habanak zenbait izurrite jaso zituen:

Hala eta guztiz ere, populazioa emendatuz joan zen: 1600. urtean, 4.000 biztanle zituen; 1700.ean, berriz, 30.000.

1762. urtean, tropa britainiarrek hiria hartu zuten, zenbait hilabetez setiatu ostean, baina denbora laburrean egon zen ingelesen eskuetan, Versaillesko Ituna zela eta, espainiarren eskuetara itzuli baitzen.

1898. urtean, Kuba Espainiako parte izateari utzi zion, eta Habanak hedakuntzen segiitu zuen, orain, Estatu Batuen eraginpean. Hiriaren ondoan, gune industrial handiak sortu ziren, eta bere populazioa handituz joan zen (1960. urtean 1.500.000 biztanle). Hiriak zabalkunde handia izan zuen Batistaren agindupean, estatubatuarren aisialdi leku gisa.

1968. urtean hiriaren erreforma aurrera eraman zen, langileentzako auzoak eraikiz eta gizarte organizazio zibilak (Comités de manzana) direla eta.