Gizakia duela 40.000-60.000 urte heldu zen Balira. Orain dela 4.500-3.000 urte, austronesiar hizkuntzak mintzatzen zituzten jendeak, jatorria Taiwanen edota hegoaldeko Txinan zituztenak, iritsi ziren. Austronesiarrek arroz laborantza eraman zuten, eta jatorrizko biztanle melanesiarrak, ehiztari-biltzaileak, zokoraturik gelditu ziren[1].

 

Pura Maospahit, Majapahit garaiko tenplua.

K. a. I. mendetik aurrera, Balik harreman handia izan zuen Indiarekin; era horretan, Budismoa eta Shivaismoa iritsi ziren. Garai hartan eraiki zen subak izeneko ureztatze sistema[2]. 1343an, ekialdeko Javako Majapahit Inperio hinduak kolonia bat sortu zuen Balin. 1500an, Majapahit Inperioa suntsitu zenean, javatar ugari Balira migratu ziren.

1512tik goiti, portugaldar itsasgizonek uhartea begiztatu eta mapetan kokatu zuten. 1597an, Cornelis Houtman herbeheretarra lehorreratu zen. Herbeheretarrek merkataritza-kolonia eratu zuten, Ekialdeko Indietako Herbeheretar Konpainiaren bitartez. XIX. mendeko bigarren erdian, nederlandarrak saiatu ziren beren agintea finkatzen zenbait gerra kolonialen bidez. Beti ere, haien nagusitasuna ez zen inoiz izan Javan eta Moluketan bezain handia.

1920ko hamarkadan, Mendebaldeko artista eta intelektual batzuek Baliren irudi idilikoa zabaldu zuten, eta Bakearen uhartea deitutakoa[3] turismo gune bilakatu zen. Bigarren Mundu Gerran, 1942-1945 bitartean, japoniar osteek okupatu zuten. Gerra ostean, herbeheretarrak itzuli ziren, baina Ngurah Rai buru zuen askapen armada-ren aurka borrokatu behar izan zuten. Matxinoak azpiratu bazituzten ere, 1949ko abenduaren 29an Herbehereek onartu behar izan zuten Indonesiaren independentzia, Bali barne.

1963an, Gunung Agung sumendiaren erupzioak milaka hildako eragin zituen[4]. 1965ean, Suharto jeneralak estatu kolpea jo eta komunisten kontrako ehiza kupidagabeari ekin zion Indonesia osoan. Kronikek diotenez, Java eta Bali izan ziren uharterik zigortuenak. 80.000-100.000 ezkerreko militante hil zituzten, eta beste askok egin behar izan zuen ihes[3]. 2002ko urriaren 12, 21 herrialdeetako 202 pertsona hil ziren Jemaah Islamiah talde islamistak Kutan egindako atentatuetan[5].