Küprose peapiiskop Makários III viibis Seišellidel asumisel 1956–1957

Portugallaste tehtud kaartidel on Seišelle kujutatud 1505. aastal, kuid araablased tundsid saari juba varem. 1502. aastal külastas saari meresõitja Vasco da Gama. Saared olid piraatide valduses 18. sajandini, mil Briti ja Prantsuse väed nad sealt minema ajasid. 21. novembril 1742 maabus Mahé saarel prantsuse ekspeditsioon ja 1756 võtsid prantslased saared enda valdusse. Napoleoni sõdade ajal vallutasid saared britid. 1834 keelustati orjandus. 1862 hukkus maalihke tõttu 70 inimest. 1903 sai Seišellidest Suurbritannia kroonikoloonia ja britid kasutasid saari poliitiliste vangide väljasaatmiskohana. Seišellidel viibis asumisel Küprose peapiiskop Makários III.

1939 moodustati esimese parteina Maksumaksjate Assotsiatsioon ja 1948 toimusid esimesed omavalitsue valimised. Seišellid iseseisvusid 29. juunil 1976. Riigi esimene president James Mancham kukutati 5. juunil 1977 riigipöördega. Uus president France-Albert René kehtestas Seišellide Progressiivne Rahvarinde ainuvõimu. 1981 ja 1982 kukkusid riigipöördekatsed läbi. 29. novembril 1985 tapeti Londonis opositsioonijuht Gérard Hoarau. 1991 lubas president René taas mitmeparteisüsteemi. 2004 sai riigi presidendiks James Michel.