Kivist tööriistade ja relvade ning suurte kiviehitiste jäänuste põhjal saab öelda, et Bhutan oli asustatud juba 2000 eKr.

Bhutanlased usuvad, et maa algasukad olid lhopud (Lhop, Doya; väike tiibeti-birma keelt kõnelev hõim Edela-Bhutanis) ning hiljem tulid nende asemele Mongoolia alalt tiibetlased. Teise arvamuse järgi koosnesid algasukad mitmest hõimust.

Bhutanis praegu enamuse moodustav rahvas bhotiad (Ngalop), kes on koondunud riigi kesk- ja lääneosa orgudesse, on ilmses suguluses põhja pool elavate tiibetlastega, kellega neid seovad füüsilised, keelelised ja kultuurilised ühisjooned. See asjaolu osutab sellele, et minevikus on üle Himaalaja sisse rännanud märkimisväärsel hulgal tiibetlasi, kellest põlvneb põhiosa praegusest rahvastikust.

On arvatud, et Kristuse-eelse 5. sajandi ja Kristuse-järgse 6. sajandi vahel oli seal riik nimega Lhomon ('lõunapimedus') või Monyul ('pime maa' Bhutani algasukate monpade järgi). Vanades Bhutani ja Tiibet kroonikates leiduvad nimed Lhomon Tsendenjong 'sandalipuumaa' ja "Lõuna-Mon" ("nelja lähenemise maa).

Kõige varasem ajalooliselt teada olev sündmus Bhutanis on buda pühaku Padmasambhava (guru Rimpotše) viibimine Bhutanis 8. sajandil. Temale omistatakse tavaliselt vadžrajaana-budismi toomine Bhutanisse, kuid Kyichu Lhakhang Paros ja Jambey Lhakhang Bumthangis on ehitatud 659, umbes sajand enne guru Rimpotše saabumist poollegendaarse Tiibeti kuninga Songtsen Gampo poolt. Vadžrajaanast areneski 12. sajandks välja Tiibeti budism. Padmasambhava rajas hulga templeid ja kloostreid, sealhulgas kuulsa Taktshangi kloostri, mis on ehitatud kõrgele kaljule Paro oru kohal, ja Kurjey Lhakhangi Bumthangis.

Bhutani varane ajalugu on ebaselge, sest suurem osa kroonikatest hävis tulekahjus kunagises pealinnas Punakhas 1827. Igatahes oli budism 10. sajandiks juba väga mõjukas. Tekkisid erinevad koolkonnad, mida soosisid erinevad Tiibeti ja Bhutani valitsejad. Pärast mongolite allakäiku 14. sajandil võistlesid need koolkonnad poliitilise ja usulise mõjuvõimu pärast. 16. sajandiks jäi peale drukpa koolkond.

Bhutani alal asusid 17. sajandini mitmed väikesed omavahel vaenutsevad läänivaldused, kuni need ühendas Tiibeti laama ja sõjapealik Shabdrung Ngawang Namgyal. Pärast tema surma 1652. aastal valitses riigis mõnda aega anarhia.

Aastatel 1710 ja 1730 ründasid Bhutani tiibetlased, kuid mõlemad rünnakud löödi tagasi.

18. sajandil ründas Bhutan Cooch Behari kuningriiki ja okupeeris selle. Aastal 1772 tõrjusid Cooch Behari väed inglaste abiga Bhutani armee välja ja ründasid 1774 Bhutani. Bhutan oli sunnitud oma vallutustest loobuma.

19. sajandi lõpus leidis aset mitu kodusõda.

Aastal 1865 oldi sunnitud loovutama osa piiriäärseid alasid Suurbritanniale.

Aastal 1907 valiti Ugyen Wangchuck Bhutani kuningaks.

Suurbritannia kuningast sai 1910 Bhutani süserään. Pärast India iseseisvumist 1947 otsustas Bhutan Indiaga mitte liituda. Aastal 1949 tunnistas India Bhutani sõltumatust.

Aastal 1971 võeti Bhutan ÜRO liikmeks.

Aastal 1972 asus valitsema praegune kuningas Jigme Singye Wangchuck, kes 1998 viis läbi olulised poliitilised reformid, andes suurema osa oma võimust üle peaministrile.

Riigis on keelatud kilekottide kasutamine.