La isla y prefectura de Hokkaido fue habitada por los pueblos ainu, Nivkh y Orok en el pasado. El Nihon Shoki, concluido en el año 720 d. C., se considera a menudo como la primera mención de Hokkaido en la historia registrada. Según el relato, Abe no Hirafu condujo un numeroso ejército por tierra y mar hacia las zonas septentrionales de Japón entre los años 658-660 y entró en contacto con los pueblos Mishihase y Emishi. Uno de los lugares a los que Hirafu llegó fue la conocida como Watarishima (渡島), zona que a menudo se interpreta que es el Hokkaido actual. Sin embargo, existen diversas teorías en relación con los detalles del suceso, incluida la localización real de Watarishima y la creencia extendida de que los Emishi de Watarishima eran los antepasados del actual pueblo ainu.

 

Ceremonia Iomante de los ainu con un oso.

Durante los períodos Nara y Heian (710-1185), los habitantes de Hokkaido comerciaron con la provincia de Dewa, un puesto avanzado del gobierno central japonés. Desde la Edad Media, la gente de Hokkaido comenzó a ser denominada Ezo. Anteriormente, Hokkaido se llamaba Ezochi (蝦夷地, tierra de los Ezo) o Ezogashima (蝦夷ヶ島, isla de los Ezo). Los Ezo se sustentaban principalmente de la caza y la pesca y obtenían arroz y metal por medio del comercio con los japoneses.

Durante el período Muromachi (1336-1573), los japoneses crearon un asentamiento en el sur de la península de Oshima. Dado que mucha población se trasladó al asentamiento para evitar batallas, surgieron disputas entre los japoneses y los ainu. Las disputas se convirtieron con el tiempo en guerra. Takeda Nobuhiro acabó con la vida del líder ainu, Koshamain, y derrotó a los oponentes en 1457. Los descendientes de Nobuhiro se convirtieron en gobernantes del Matsumae-han, al que se le concedieron derechos de comercio exclusivos con los ainu en los períodos Azuchi-Momoyama y Edo (1568-1868). La economía de la familia Matsumae se basaba en el comercio con los ainu. Mantuvieron su autoridad en el sur de Ezochi hasta el final del período Edo en 1868.

El mandato del clan Matsumae sobre los ainu debe ser entendido en el contexto del expansionismo del estado feudal japonés. Los líderes militares medievales del norte de la isla de Honshū (Fujiwara, clan Akita) mantuvieron tenues lazos culturales y políticos con la corte imperial y sus representantes, el shogunato de Kamakura y el de Ashikaga. Los caudillos feudales se situaban a sí mismos a menudo en el orden institucional medieval, adquiriendo títulos relacionados con el shogunato, si bien en otros tiempos asumían títulos que parecían otorgarles una identidad no japonesa. De hecho, muchos de los hombres poderosos feudales descendían de los líderes militares Emishi que habían sido asimilados en la sociedad japonesa. El clan Matsumae descendía de Yamato, como otros grupos étnicos japoneses, mientras que los Emishi del norte de Honshū era un grupo distintivo relacionado con los ainu. Los Emishi fueron conquistados e integrados en el estado japonés alrededor del siglo XVIII, y como resultado comenzaron a perder su cultura e identidad propias según menguaban en número y pasaban a ser minorías. En el tiempo en que gobernó el clan Matsumae sobre los ainu la mayoría de los Emishi estaban más mezclados étnica y físicamente con los japoneses que con los ainu. Esto se entrelaza mejor con la teoría de la "transformación" de que los pueblos Jōmon nativos cambiaron gradualmente con la infusión de inmigrantes Yayoi en Tōhoku más que con la teoría del "reemplazo", que plantea que el pueblo (Jōmon) fue directamente sustituido por otro (Yayoi).

 

Samurái, 1775

Hubo numerosas revueltas por parte de los ainu contra el gobierno feudal. La última resistencia a gran escala fue la revuelta de Shakushain entre los años 1669-1672. En 1789, un movimiento menor, la rebelión de Menashi-Kunashir también se aplastó. Tras aquella rebelión, los términos "japonés" y "ainu" pasaron a referirse a dos grupos claramente distinguidos, y los Matsumae eran inequívocamente japoneses. En los años 1799-1821 y 1855-1858, el shogunato Edo tomó control directo sobre Hokkaido en respuesta a la posible amenaza desde Rusia.

En tiempos de la Restauración Meiji, el shogunato de Tokugawa se dio cuenta de que había necesidad de preparar las defensas septentrionales ante la amenaza de una posible invasión rusa y tomó el control de la mayor parte de Ezochi. El shogunato suavizó ligeramente el asunto de los ainu, pero no cambió su forma autoritaria de gobernar.

Hokkaido se conocía como Ezochi hasta la Restauración Meiji. Poco después de la guerra Boshin de 1868, un grupo de leales a Tokugawa dirigido por Enomoto Takeaki ocupó temporalmente la isla, pero la rebelión se aplacó en mayo de 1869. Ezochi fue subsecuentemente puesta bajo el control de Hakodate-fu (箱館府), el Gobierno Prefectural de Hakodate. Cuando se instauró la Comisión de Desarrollo (開拓使 Kaitakushi), el gobierno Meiji introdujo un nuevo nombre. Tras 1869, el norte de la isla se conoció como Hokkaido; y se establecieron divisiones regionales, incluyendo las provincias de Oshima, Shiribeshi, Iburi, Ishikari, Teshio, Kitami, Hidaka, Tokachi, Kushiro, Nemuro y Chishima.

El propósito primario de la comisión de desarrollo fue asegurar Hokkaido antes de que los rusos extendiesen su control oriental más allá de Vladivostok. Se puso a Kuroda Kiyotaka a cargo de dicha empresa. Su primer paso fue viajar a los Estados Unidos y reclutar a Horace Capron, Comisario de Agricultura del presidente Grant. Desde 1871 a 1873, Capron se esforzó por explicar la agricultura y minería occidentales. Capron, frustrado por los obstáculos interpuestos a sus esfuerzos, regresó a su hogar en 1875. En 1876, William S. Clark fundó una universidad de agricultura en Sapporo. Aunque solo se quedó un año, Clark dejó huella en Hokkaido, inspirando a los japoneses con sus enseñanzas en agricultura, así como en cristianismo. Sus últimas palabras antes de partir fueron: "¡Chicos, sed ambiciosos!" se pueden leer todavía hoy en edificios públicos de Hokkaido. La población de la isla se multiplicó de 58.000 a 240.000 en esa década.

En 1882, la Comisión de Desarrollo fue abolida y Hokkaido dividida en tres prefecturas (Hakodate, Sapporo y Nemuro). En 1886, las tres prefecturas se eliminaron y Hokkaido quedó bajo el control de la Agencia de Hokkaido (北海道庁 Hokkaidō-chō). Hokkaido se igualó a otras prefecturas en 1947, cuando la Ley de Autonomía Local se hizo efectiva. El Gobierno central japonés estableció la Agencia de Desarrollo de Hokkaido (北海道開発庁 Hokkaidō Kaihatsuchō) como una agencia del primer ministro en 1949 para mantener su poder ejecutivo en la isla. La Agencia fue absorbida por el Ministerio de Tierra, Infraestructura y Transporte en 2001. El departamento de Hokkaido y el departamento de Desarrollo Regional de Hokkaido (北海道開発局 Hokkaidō Kaihatsukyoku) del Ministerio todavía tienen notoria influencia en la construcción de proyectos públicos en Hokkaido.