Durante el reinado del emperador Nintoku (313-399), según la leyenda del templo, Ragyō Shōnin, un monje de la India, llegó al lugar siguiendo el río en busca de un espacio adecuado para practicar sus austeridades. De este modo, encontró la cascada Nachi. Después de practicar shugyō, Kannon se le apareció en la base de la cascada y construyó un templo dedicado la deidad en la misma ubicación.[1]​

Los edificios del Seiganto-ji, como muchos de los templos en la ruta de peregrinación, fueron quemados por Nobunaga Oda durante las guerras civiles del siglo XVI.[2]​ El Nyorindō fue reconstruido en 1587 por Toyotomi Hideyoshi, el shōgun que unificó Japón después del período Sengoku.[1]​

 Vista del Nyorindō, el salón principal.

Cuando el gobierno restableció el poder del Emperador durante la era Meiji (1868-1912), se separaron los templos budistas y los santuarios sintoístas que durante más de mil años compartieron los mismos terrenos. Debido a esto, Seiganto-ji fue abolido formalmente y la mayoría de sus edificios fueron desmantelados, de tal modo que estuvo desierto hasta 1874. La parte que se conservó es, desde 2004, parte del Patrimonio de la Humanidad de la Unesco.[3]​

En 1918, un montículo de sutras fue excavado en la base de la cascada y se encontró que contenía artefactos arqueológicos importantes, incluyendo estatuas, espejos, accesorios de altar y cilindros de sutra. Actualmente se muestran en el Ryuho-den («salón del tesoro»), ubicado al lado de la pagoda. Estos montículos de sutra fueron creados por sacerdotes en tiempos de guerra para ocultar sus tesoros, pero también muchos objetos fueron enterrados de esta manera como resultado de la creencia de que el fin del mundo llegaría al comienzo del siglo X.[4]​

↑ a b «World Heritage Sites in Shingu». Sitio web de la ciudad de Shingu (en inglés). Consultado el 22 de febrero de 2023.  ↑ «Templo Seigantoji». Japan Travel. Consultado el 22 de febrero de 2023.  ↑ «Nachisan Seiganto-ji Temple【World Heritage Site】». Nachi Katsuura (en inglés). Consultado el 22 de febrero de 2023.  ↑ Juno, Cate Kodo. «History of Seigantoji». Sacred Japan. Archivado desde el original el 17 de septiembre de 2016. Consultado el 9 de octubre de 2014.