El parque fue creado por el gobernador alemán de la colonia, Friedrich von Lindequist, en 1907, y contaba con una extensión de casi cien mil kilómetros cuadrados, que englobaban el actual parque y gran parte de Kaokoland con el nombre de Reserva de caza 2. En aquel tiempo, la fauna era mucho más abundante que en la actualidad, pues la región estaba prácticamente deshabitada y era fácil ver rinocerontes en pleno día.

Tras la Primera Guerra Mundial, Namibia adquirió el nombre de África del Sudoeste y pasó a ser colonia de Sudáfrica hasta su independencia en 1991. En 1947, los sudafricanos crearon en el noroeste del país el bantustán de Kaokoland para recolocar a los hereros, que vivían más al sur y ofrecerle un país a los himbas, que vivían en la frontera con Angola, lejos de las riquezas de las zonas habitadas por los blancos. Para ello, hubo que reducir la extensión del parque, que llegaba entonces hasta Skeleton Coast, en el mar, y cortaba prácticamente el país en dos.

En 1962, la Comisión Odendaal redujo nuevamente la extensión del parque, cortando definitivamente la conexión de Etosha con el mar e impidiendo las migraciones anuales de los elefantes.

Actualmente, está en proceso la creación de un parque en la región de Kunene (noroeste de Namibia), lo que ampliaría Etosha hacia el oeste al añadirle las concesiones de Palmwag (5 900 km²), Etendeka (507 km²) y Hobatere (260 km²). Entre las tres, se calcula que contienen unos mil elefantes del desierto, cien leones y 150 rinocerontes negros.