El origen de San Pedro de Rocas es anterior al año 573, año en el que según se conserva en una inscripción encontrada en una lápida en la iglesia del monasterio (esta lápida se conserva en el Museo Arqueológico Provincial de Ourense), donde cinco habitantes del mismo (Eufrásio, Eusanio, Quinedio, Eatio y Flavio) recibieron algún tipo de herencia. Está ligado al evangelizador Martín de Braga (también conocido como Martín de Dumio o Martín Dumiense) en época sueva.

A principios del siglo VIII es abandonado debido a los ataques que sufre por parte de los musulmanes. En un documento datado en el año 1007, en donde se los privilegios otorgados por el rey Alfonso V de León, se relata que en el siglo IX un caballero llamado Gemodus en una cacería encontró las ruinas de un monasterio, o las capillas excavadas y él y sus acompañantes se quedaron a vivir allí como religiosos. Se estima que esta historia es una leyenda.

El origen del monasterio, como el de la mayoría de los monasterios de la Ribeira Sacra, es eremítico asociado al comienzo del cristianismo en tierras gallegas. El paso de orar en solitario (vida eremítica) a orar en comunidad (vida cenobítica) es evidente en este lugar. Aun estando establecida la vida monástica hay constancia de eremita en los alrededores de San Pedro de Rocas hasta el siglo XV.

Alfonso III de Asturias, el Magno, implanta la regla benedictina y dota, al entonces ya cenobio, de grandes donaciones que sus sucesores, Alfonso V en 1007, Alfonso VII, Fernando IV y Enrique III confirman y aumentan.

En el siglo XI un incendio destruye gran parte del monasterio que es reconstruido con ayuda del abad Aloito y la comunidad de Celanova. Desde el año 1199 el monasterio de San Pedro de Rocas se convierte en el priorato más importante del monasterio de San Salvador de Celanova, aunque parece que se une a este monasterio definitivamente en el siglo XV. Anteriormente dependió del monasterio de Santo Estevo de Ribas de Sil.

Otro incendio vuelve a consumir el conjunto monacal el año 1640. La reconstrucción que se realiza entonces da el aspecto actual del monasterio que pasó a ser casa rectoral una vez abandonado por los monjes.[1]​

Tras la desamortización de Mendizábal en 1836 pasa a ser parroquia que se debe cerrar a comienzos del siglo XX por los numerosos derrumbes que producen y por ser nuevamente consumido por la llamas. Es cedido a la "Ciudad de los Muchachos de Bemposta" que le devuelven algo de vida. En el año 1923 es catalogado como bien de interés cultural y se ponen medios para su conservación.[2]​