El monasterio fue fundado por Gombau de Besora, señor entre otras tierras del castillo de Montbui en Caldas. En 997, Gombau compró las tierras a Ramón Borrell. Se desconoce la fecha exacta de la fundación del monasterio pero en 1006 ya estaba instalada una comunidad de frailes, siendo su primer abad Guillemund.

Tanto los condes de Barcelona como el propio Gombau dotaron al monasterio de importantes bienes. En 1042, Gombau unió, en calidad de priorato, el monasterio catalán con el de San Víctor de Marsella con el fin de garantizar la continuidad del cenobio después de su muerte.

La comunidad residente en San Miguel fue siempre pequeña, entre cinco y seis monjes. Entró en declive a partir del siglo XIV cuando la comunidad quedó reducida a tres monjes. La vida religiosa en el cenobio finalizó en 1567 cuando se convirtió en una dependencia de la diócesis de Gerona quien se encargó de mantener el culto en el recinto mediante sacerdotes beneficiados. El antiguo monasterio se fue transformando en un santuario al que acudían los vecinos de las localidades cercanas. Tras la desamortización quedó en manos de particulares. Las actividades religiosas se mantuvieron hasta 1936.

A pesar de ser un monasterio de pequeñas dimensiones contó con importantes donaciones. En el Museo Diocesano de Barcelona se conserva una cruz románica de plata repujada, obra única de la orfebrería románica, procedente de San Miguel. En el museo se encuentran también lápidas, sarcófagos y otros artículos de menaje que demuestran la riqueza que un día tuvo este cenobio.