Vista aérea de Lindau. Calle de Lindau.

El barrio Aeschach (en tierra firme) muestra trazos de colonización romana del siglo I, aunque Lindau no aparece mencionada por primera vez hasta 882 en un documento del monasterio de Sankt Gallen.

El edificio más antiguo en la isla Lindau se llama Heidenmauer, un muro de fortificación colosal, cuyo uso es aún dudoso. Debido a una antigua inscripción se supone que fue construido por los romanos o los langobardos; de ahí su nombre popular "muro de los paganos". Obras más recientes mostraban un origen medieval después del siglo VIII.

Alrededor de 1180 se construyó la iglesia de St. Stephan, mientras que en 1224 los padres franciscanos fundaban un monasterio en la isla.

Tras la Reforma, Lindau se convertiría en 1528 al protestantismo. La ciudad representaba en 1529 la minoría protestante en el Reichstag de Speyer. Los habitantes se unían a la Tetrapolitana (fórmula del credo de Bucer) que intentaba forzar la extinción de la fe reformada.

En la guerra de los Treinta Años Lindau fue atacado entre 1646 a 1647 por los suecos. Bajo las órdenes del barón Max Willibald de Waldburg-Wolfegg, comandante del ejército imperial, los ciudadanos derrotaron a los suecos al destruir las armas de asedio en una incursión de madrugada. Hoy en día los restos de esta lucha están enterrados en la isla. Tras esta guerra se festeja en 1655 la primera fiesta para los niños inaugurada por Valentin Heider, para dar esperanza a la juventud.

Cada año, en todas las escuelas, los cánones anuncian en la mañana la fiesta. A los alumnos se les da un pastel tradicional llamado Butschelle. Después de un desfile, el alcalde pronuncia un discurso frente los jóvenes en la plaza del ayuntamiento, terminando con la exclamación "Lindau", contestada por la gente con "Hoch" (Viva). El día termina con una fiesta folclórica.

Tras la ocupación por Napoleón Bonaparte, Lindau perdió en 1802 sus privilegios imperiales. El rey baron August de Bretzenheim cedía en 1804 la ciudad y el monasterio a Austria. 1806 Austria regalaba ambos al rey de Baviera.

En 1853 se construyó la vía de ferrocarril entre la isla y la tierra firme. En 1856 el único puerto de Baviera se construyó en esta ciudad, con la estatua del famoso león en el muelle, el animal simbólico de Baviera.

En 1922 bajo el mandato del alcalde Ludwig Siebert los siguientes pueblos fueron incorporados al municipio de Lindau (Aeschach, Hoyren y Reutin). Ludwig Siebert, siendo miembro del Partido Nacionalsocialista Alemán de los Trabajadores, fue nombrado Gauleiter (Líder de región) de Baviera en 1933.

Durante la Segunda Guerra Mundial tropas francesas ocuparon Lindau el 30 de abril de 1945 sin resistencia alguna. La ciudad y el distrito fueron separadas de Baviera y convertidas en una zona de derecho extraordinario en la zona de ocupación francesa. En 1946, el gobierno del distrito de Lindau fue empleado sin dependencia ni de Baviera ni de Baden-Württemberg. Durante casi diez años Lindau sirvió para conectar la zona de ocupación francesa en Alemania con la misma en Austria. El 1 de septiembre de 1955 Lindau fue reubicada en el estado de Baviera.