Diversas fuentes y escritos indican que el origen del jardín se fecharía en el siglo XI durante la dinastía Selyúcida cuando el gobernador de Pars, Atabak Qaracheh, ordenó la construcción de varios recintos y jardines y éste recibió el nombre de Bagh-e-Sah (Jardín del rey en persa), aunque era mucho más sencillo y estaba menos decorado de lo que llegó a estar con posterioridad.[1]​ En el siglo XIV la dinastía injuida tomó el control de la región tras la caída del Ilkanato y al menos uno de los líderes de esta dinastía usó el Jardín de Eram como sede de su gobierno.[2]​ Fue durante este periodo cuando alcanzó la cima de su esplendor pues en la época posterior a la llegada de los timúridas y de Tamerlán la atención de estos se desplazó hacia la construcción de nuevos jardines en la zona, origen del olvido del jardín durante varios siglos.

La construcción del jardín actual, incluyendo el pabellón y sus jardines, comenzó en el siglo XVIII durante la dinastía kayar, cuando diferentes líderes de las tribus kashgai lo utilizaron como sede del gobierno de la región después de que la orden de Nadir Sah de recuperar los jardines de la ciudad permitiera encontrar el jardín original cerca de Shiraz. Aquellos que se consideraban herederos del antiguo Ilkanato continuaron la obra a lo largo del siglo XIX y la completaron casi al final de este.[2]​

El viajero holandés Cornelis de Brujn redactó una descripción de los jardines en el siglo XVIII. A lo largo de los siglos la estructura ha sido modificada, restaurada y estilísticamente modificada por diferentes personajes. El principal pabellón, encarado hacia el sureste siguiendo el eje más largo, fue diseñado por el arquitecto local Haji Mohammad Hasan. La estructura albergaba 32 habitaciones en dos plantas decoradas con azulejos que contenían poemas del poeta persa Hafiz Shirazi escritos sobre ellos. El pabellón fue renovado durante el reinado de la dinastía Zand y otra vez durante el de los Kayar. La dinastía Pahlavi invirtió mucho esfuerzo y dinero en restaurar el jardín para que alcanzara una posición de reconocimiento internacional; de hecho, el embajador británico en Irán, Sir Denis Wright, fue invitado en 1965 por Asadollah Alam, amigo cercano de Mohammad Reza Pahlevi y en ese momento rector de la Universidad de Shiraz, a una fiesta en el Jardín de Eram organizada por la princesa Alejandra de Kent.[1]​ El complejo terminó bajo el cuidado de la, en ese momento, Universidad de Pahlavi durante el gobierno de la dinastía, que lo usó como facultad de Derecho hasta los años 80.

Hoy en día sigue siendo propiedad de la Universidad de Shiraz y está abierto al público como museo, protegido por la Organización del Patrimonio Cultural de Irán. El 27 de junio de 2011, el Jardín de Eram y otros jardines representativos de Irán fueron inscritos en la lista de Patrimonio de la Humanidad bajo la denominación común de El jardín persa.[3]​