El nombre de Halle deriva del alemán antiguo y quiere decir «sal». Los manantiales de agua salada de Halle son producto de una situación geológica especial, la llamada falla de la plaza del mercado de Halle fue empleada en tiempos remotos, como lo demuestran las nuevas excavaciones arqueológicas hechas en el área de la plaza del mercado, que corroboran la continuidad de la importancia de la sal para la ciudad. La sal era la principal actividad comercial de la ciudad, como en muchas ciudades en la Edad Media. Actualmente la sal no representa un comercio importante y es limitada a un museo en el llamado Saline junto al río Saale.

August Hermann Francke tuvo una gran influencia y fundó un orfanato en el que albergó a más de 1.000 niños en residencia. Se le reconoce como el fundador del pietismo. En Halle habitó por corto tiempo Martín Lutero y en la calle llamada "Rannische Straße" se encuentra una placa conmemorativa en la fachada de la casa.

En la Segunda Guerra Mundial Halle sufrió muchos daños en la periferia, debido a que al sur de la ciudad se encontraban las fábricas estratégicas de química (Leuna). El centro de la ciudad apenas fue bombardeado y hoy en día presume de tener el conjunto de edificios catalogados más grande de Alemania. Entre 1949 y 1990, Halle formó parte de la República Democrática Alemana (RDA).