La tradición dice que el fuerte fue construido por Rawal Jaisal, un rajput Bhati, en 1156.[1]​ y que reemplazó una construcción anterior en Lodhruva, con la que Jaisal no estaba satisfecho y, por lo tanto, estableció una nueva capital fundando la ciudad de Jaisalmer.

Alrededor de 1299, Rawal Jait Singh I enfrentó un largo asedio de Alauddin Khalji, del sultanato de Delhi, quien se dice que había sido provocado por una incursión de Bhati a su caravana del tesoro. Al final del asedio, enfrentando una derrota segura, las mujeres rajputs Bhati cometieron jauhar, y los guerreros masculinos, bajo el mando de Mularaja, encontraron su final fatal en la batalla con las fuerzas del sultán. Durante algunos años después del asedio exitoso, el fuerte permaneció bajo el dominio del sultanato de Delhi, antes de ser finalmente ocupado de nuevo por algunos bhatis supervivientes.[2]​

Durante el reinado de Rawal Lunakaran, alrededor de 1530-1551, el fuerte fue atacado por un jefe afgano, Amir Ali. Cuando a Rawal le pareció que estaba peleando una batalla perdida, asesinó a sus mujeres porque no había tiempo suficiente para organizar un jauhar. Trágicamente, los refuerzos llegaron inmediatamente después de la hazaña y el ejército de Jaisalmer salió victorioso en la defensa del fuerte.

En 1541, Rawal Lunakaran también luchó contra el emperador mogol Humayun cuando este último atacó el fuerte en su camino a Ajmer.[3]​ También ofreció a su hija en matrimonio a Akbar. El fuerte permaneció bajo el control de los mogoles hasta 1762 cuando Maharawal Mulraj tomó el control del fuerte.[4]​

El tratado entre la Compañía Británica de las Indias Orientales y Mulraj el 12 de diciembre de 1818 permitió a Mulraj retener el control del fuerte y le proporcionaba protección contra cualquier invasión. Después de la muerte de Mulraj en 1820, su nieto Gaj Singh heredó el control del fuerte.[4]​

El advenimiento del dominio británico, la aparición del comercio marítimo y el crecimiento del puerto de Bombay llevaron al declive económico gradual de Jaisalmer. Después de la Independencia y la Partición de la India, la antigua ruta comercial se cerró por completo, por lo que la ciudad perdió definitivamente su antiguo papel de importancia en el comercio internacional. No obstante, la importancia estratégica de Jaisalmer quedó demostrada durante las guerras de 1965 y 1971 entre India y Pakistán.[cita requerida]

Aun cuando Jaisalmer ya no es una importante ciudad comercial ni un puesto militar, se ha convertido en un importante destino turístico. Inicialmente, toda la población de Jaisalmer vivía dentro del fuerte, y hoy en día el antiguo fuerte aún conserva una población residente de unas 4000 personas que en su mayoría descienden de las comunidades brahmán y rajput. Esas dos comunidades sirvieron como mano de obra de los antiguos gobernantes Bhati del fuerte, cuyo servicio luego autorizó a los trabajadores a residir en la cima de la colina y dentro de los muros del fuerte.[5]​ Con el lento aumento de la población del área, muchos de los residentes de la ciudad se mudaron gradualmente al pie de la colina Trikuta. Desde allí, la población de la ciudad se ha extendido en gran medida más allá de los antiguos muros del fuerte y hacia el valle adyacente que se encuentra debajo.