Durante la colonización española la zona formaba parte de la provincia de Calamianes, una de las de las 35 provincias de la división política del archipiélago filipino, en la parte llamada de Visayas. Pertenecía a la audiencia territorial y Capitanía General de Filipinas, y en lo espiritual a la diócesis de Cebú.

Posteriormente forma parte de la provincia de Castilla, con Taytay como su capital.

Este municipio fue creado en 1916, cuando la zona se separa de Taytay y toma el nombre de Bacuit.

El 17 de junio de 1954 el municipio de Bacuit cambia su denominación por la de El Nido.[1]​

En 1957 se crearon los siguientes barrios:

Villa Paz, comprendiendo los sitios de Nueva Igabas, Candolay, Malapaho, Mabeñgeten, Dewel, Nalbekan y Lapia. Bebeladán, comprendiendo los sitios de Mainlong, Bolabod, Balete, Culiong, Codongnon, Vigan, Pagawanen, Langeblangeban, Talulap, Bocboc, Miadiao, Avirawan, Pita, Deboluan, Balay-Bacaco, Kiminawit, Pamontonan, Simpian, Binabanan, Tegas y Pinacpanacan. Bagong-Bayán, comprendiendo los sitios de Manogtog, Cadleman, Pinagtual, Omao, Nami, Tebey, Bato, Tuñgay, Cataaban y Lomocob. Pasadeña, comprendiendo los sitios de Lamoro, Cagbatang, Bulalacao, Pinañganteñgan, Quinawañgan, Nagbaclao, Colantod, Loblob y de Badiang. Sibaltán, comprendiendo los sitios de Turatod, Buluang, Santa Mónica, Senodioc, Laolao, Caboñgan, Tapic, Panian, Guitan, Loro y Nagcalasag. Barotuán, comprendiendo los sitios de Taberna, Locaroc, Nagpan, Yocoton, Calitang, Wawa, Makinit, Canoling, Mabañgaon y Mapeldeten. San Fernando, comprendiendo los sitios de Panian, Madorianen, Dipnay, Maubog, Guenleng, Palabuayan, Parañgaycayan, San Pablo y Olac-Olacan. Villa Libertad, comprendiendo los sitios de Calelenday, Taolili, Boloc, Inigtan, Mepague, Matolatolaon, Dao, Batbat, Madacotdacot, Nasigdan, Semenled, Bancalen y Cagbanaba.[2]​

El 22 de junio de 1957, el barrio de Otón pasó a llamarse Mabini.[3]​

 Terminal de Ferry El Nido↑ www.chanrobles.com REPUBLIC ACT NO. 1140 - AN ACT CHANGING THE NAME OF THE MUNICIPALITY OF BACUIT IN THE PROVINCE OF PALAWAN TO EL NIDO. ↑ «PhilippineLaw.info REPUBLIC ACT NO. 1780 AN ACT CREATING CERTAIN BARRIOS IN THE MUNICIPALITY OF EL NIDO, PROVINCE OF PALAWAN.». Archivado desde el original el 1 de octubre de 2013. Consultado el 8 de diciembre de 2014.  ↑ «PhilippineLaw.info REPUBLIC ACT NO. 1959 AN ACT CHANGING THE NAME OF BARRIO OTON, MUNICIPALITY OF EL NIDO, PROVINCE OF PALAWAN, TO MABINI.». Archivado desde el original el 19 de octubre de 2015. Consultado el 8 de diciembre de 2014.