El castillo de Baños de la Encina se estableció en una región importante y estratégica, justo en la entrada del valle del Guadalquivir y, por lo tanto, de Andalucía. Fue el califa Alhakén II (hijo del rey Abderramán III) a quien se le atribuyó su construcción a raíz de la transcripción de una lápida fundacional depositada en el Museo Arqueológico Nacional.

Según la teoría tradicional omeya, los trabajos de construcción de la fortaleza se iniciaron en 968[1]​ (año 357 de la Hégira), como lo demuestra una inscripción grabada en la puerta, cuyo original se conserva en el Museo arqueológico nacional de Madrid. Su construcción sería entonces contemporánea a la edificación de fortalezas similares en la región, tales como el Castillo de El Vacar, en la provincia de Córdoba, peor conservado.

Según las crónicas de la época, el califa ordenó levantar varios recintos vastos fortificados de idénticas características a lo largo de todo el camino que conducía de Sierra Morena hacia Córdoba, con el fin de alojar a sus tropas (esencialmente compuestas por mercenarios magrebíes) que se dirigían hacia el Castillo de Gormaz (provincia de Soria), al norte de al-Ándalus, para llevar a cabo razias contra los reinos cristianos. No obstante, esta línea de fortificaciones no iban dirigidas a objetivos defensivos, pues el país atravesaba entonces por un largo período de paz.

En el siglo XI, tras el hundimiento y la separación del Califato de Córdoba en múltiples reinos de taifa se convierte en objeto de continuas y feroces luchas entre musulmanes y cristianos, que ven allí una pieza clave para acceder a Andalucía. Alfonso VII de León se lo arrebata a los musulmanes en 1147, pero después de su muerte en 1157, la fortaleza vuelve a manos islámicas. Alfonso VIII de Castilla y Alfonso IX de León llegan a recuperar el castillo en 1189, sin ser este un éxito definitivo, pues tres días después de la batalla de Las Navas de Tolosa (1212), la fortaleza vuelve a pasar a ser dominio musulmán.

 Fernando III de Castilla tomó definitivamente la fortaleza en 1225.

Hay que esperar al impulso decisivo que da Fernando III en pos de la reconquista del sur peninsular para que el castillo pase definitivamente, en 1225, al dominio castellano. El rey lo cede al arzobispo de Toledo, Rodrigo Jiménez de Rada, y su defensa y guardia es confiada a la Orden de Santiago, muy implicada en las operaciones militares del sur de la península ibérica. Poco tiempo después, Fernando III integra el pueblo de Baños de la Encina en la jurisdicción de la ciudad de Baeza, de la que dependerá hasta 1626, fecha en la que Baños de la Encina obtiene la condición de villa.

En 1458, en pleno período de disputas nobiliarias en Castilla, Enrique IV cede la fortaleza a su condestable, Miguel Lucas de Iranzo. La decisión provoca el rechazo y malestar de la población, que se niega a cambiar de jurisdicción. En 1466, el regidor de Baeza toma el castillo y lo devuelve a los partidarios del rey. Es en aquella época, con la construcción de la Torre del Homenaje alrededor de uno de los bastiones originales musulmanes, cuando se modifica la fisonomía de la fortaleza. Previamente, en el siglo XIV habría sido reorganizado el espacio interior, con la edificación de un pequeño fortín sobre la plaza de armas, protegido por una muralla interior.

Durante la invasión napoleónica, las tropas francesas se apropian del castillo, que sufrió las consecuencias de su ocupación, y desde entonces hasta 1828, el patio del castillo serviría de cementerio parroquial.

Más recientemente, se emprenderían diversas labores de restauración, siempre bajo la tutela de la Dirección de Bellas Artes. En la actualidad es propiedad del Ayuntamiento de Baños de la Encina.

↑ Juan Eslava Galán; V. Salvatierra, J.C. Castillo, A. Fernández Zamora, A. Fernández García y E. Molero. «Castillo de Baños de la Encina». Diputación Provincial de Jaén. Archivado desde el original el 15 de marzo de 2008. Consultado el 16 de marzo de 2008. «www.castillosybatallas.com ».  La referencia utiliza el parámetro obsoleto |coautores= (ayuda)