Anádyr fue fundada el 3 de agosto de 1889 como Novo-Mariinsk, y pasó a denominarse con su nombre actual el 5 de agosto de 1923. El 12 de enero de 1965 se le concedió el estatus de ciudad.

En el oriente ruso se proclamó a principios del 1918 una comuna en la ciudad de Anádyr con jurisdicción sobre el territorio oriental (que después fue el distrito de los Chukchis). El 16 de diciembre de 1919 se creó en Anádyr el Comité Revolucionario de Chukotka.

El 31 de enero de 1920 se produjo un golpe de Estado contrarrevolucionario y partidario de los blancos, y los miembros del Comité fueron ejecutados.