Αρχαιολογικές ανακαλύψεις υποδεικνύουν ανθρώπινη παρουσία στην περιοχή από το 50.000 π.Χ. Η αυτόχθονη φυλή Νεγρίτος είναι αυστραλο-μαλαισιανής καταγωγής και έφτασε στις Φιλιππίνες τουλάχιστον πριν 30.000 χρόνια. Αυστρονήσιοι πληθυσμοί, που προέρχονται από αυτόχθονες της Ταϊβάν που μετανάστευσαν από την ηπειρωτική Ασία πριν 6.000 χρόνια, αποίκησαν τις Φιλιππίνες και στη συνέχεια μετανάστευσαν στην Ινδονησία, τη Μαλαισία καθώς και στην Πολυνησία και τη Μαδαγασκάρη.[1]

Οι Φιλιππίνες είχαν πολιτιστικούς δεσμούς με τη Μαλαισία, την Ινδονησία και την Ινδία από την αρχαιότητα και εμπορικές σχέσεις με την Κίνα και την Ιαπωνία ήδη από τον 9ο αιώνα.

Το Ισλάμ έφτασε στις Φιλιππίνες από έμπορους και προσηλυτιστές από τη Μαλαισία και την Ινδονησία. Τον 13ο αιώνα το Ισλάμ εδραιώθηκε στο αρχιπέλαγος Σούλου, από εκεί εξαπλώθηκε στο Μιντανάο και έφτασε στη Μανίλα το 1565. Οι τοπικοί πληθυσμοί που ασπάστηκαν το Ισλάμ δημιούργησαν μουσουλμανικές κοινότητες, δεν υπήρξε όμως ένα ενιαίο κράτος κυρίαρχο στην περιοχή. Όταν έφτασαν οι Ισπανοί τον 16ο αιώνα, η πλειονότητα των 500.000 κατοίκων ζούσαν σε ανεξάρτητους οικισμούς.

Πλέοντας για λογαριασμό της Ισπανίας, ο Πορτογάλος εξερευνητής Φερδινάνδος Μαγγελάνος και το πλήρωμά του έφθασαν στο αρχιπέλαγος το 1521. Ο Μαγγελάνος σκοτώθηκε από τους γηγενείς πολεμιστές στο νησί Μακτάν. Ο στρατηγός Μιγκέλ Λόπεθ ντε Λεγκάθπι (Miguel López de Legazpi) έφθασε από το Μεξικό το 1565 και διαμόρφωσε τις πρώτες ισπανικές κτήσεις στο Σεμπού και προετοίμασε το έδαφος για την αποίκιση. Το 1571 καθιέρωσε τη Μανίλα ως πρωτεύουσα της νέας ισπανικής αποικίας.

Ρωμαιοκαθολικοί ιεραπόστολοι βάφτισαν τους περισσότερους από τους κατοίκους. Στα επόμενα 333 έτη, οι Ισπανοί στρατιώτες καταστέλλουν τις διάφορες τοπικές επαναστάσεις και αποκρούουν διάφορες εξωτερικές απειλές κατά της αποικίας. Τέτοιες απειλές προήλθαν από τους Βρετανούς, τους Κινέζους, τους Ολλανδούς, τους Γάλλους, τους Ιάπωνες και τους Πορτογάλους. Η σημαντικότερη απώλεια για την Ισπανία ήταν η προσωρινή κατάκτηση της πρωτεύουσας Μανίλα, από τους Βρετανούς κατά τη διάρκεια του πολέμου των επτά ετών. Οι Φιλιππίνες κυβερνήθηκαν ως περιοχή της Νέας Ισπανίας από το 1565 έως το 1821. Η ακτοπλοϊκή σύνδεση της Μανίλα με το Ακαπούλκο στο Μεξικό πραγματοποιούνταν μια φορά ή δύο φορές το χρόνο, αρχίζοντας προς το τέλος του 16ου αιώνα.

Στην Ισπανία αναπτύχθηκε το Κίνημα Προπαγάνδας, στο οποίο μετείχε ο Φιλιππινέζος εθνικιστής Χοσέ Ριθάλ (Jose Rizal), τότε φοιτητής στην Ισπανία. Σκοπός ήταν να ενημερωθεί η κυβέρνηση για τις αδικίες της διοίκησης στις Φιλιππίνες καθώς επίσης και τις κακοποιήσεις του γηγενούς πληθυσμού. Στο 1880 και το 1890, οι προπαγανδιστές διεκδίκησαν πολιτικές και κοινωνικές μεταρρυθμίσεις και απαίτησαν μεγαλύτερη αντιπροσώπευση στην Ισπανία. Ανήμπορος να πετύχει τις μεταρρυθμίσεις, ο Ριθάλ επέστρεψε στη χώρα για να τις διεκδικήσει τοπικά. Στη συνέχεια συνελήφθη και εκτελέσθηκε για προδοσία στις 30 Δεκεμβρίου 1896. Νωρίτερα εκείνο το έτος, είχε ήδη ξεκινήσει ένα επαναστατικό κίνημα από τον Αντρές Μπονιφάτσιο (Andrés Bonifacio) και συνεχίστηκε από τον Εμίλιο Αγκουινάλδο (Emilio Aguinaldo), ο οποίος εγκαθίδρυσε μια επαναστατική κυβέρνηση.

Ο Ισπανοαμερικανικός πόλεμος άρχισε στην Κούβα το 1898 και έφθασε σύντομα στις Φιλιππίνες, όταν ο Τζόρτζ Ντιούι (George Dewey) επικράτησε των Ισπανών στη ναυμαχία του κόλπου της Μανίλα. Ο Αγκουινάλδο κήρυξε την ανεξαρτησία των Φιλιππίνων στις 12 Ιουνίου 1898 και έγινε αρχηγός του κράτους. Ως συνέπεια της ήττας της στον πόλεμο, η Ισπανία παραχώρησε τις Φιλιππίνες, μαζί με την Κούβα, το Γκουάμ και το Πουέρτο Ρίκο στις Ηνωμένες Πολιτείες. Από το 1899, ο πόλεμος συνεχίστηκε μεταξύ Ηνωμένων Πολιτειών και των Φιλιππινέζων επαναστατών, οι οποίοι συνέχισαν τη βία των προηγούμενων ετών. Οι ΗΠΑ κήρυξαν το τέλος του πολέμου, όταν συνελήφθη ο Αγκουινάλδο από τα αμερικανικά στρατεύματα στις 23 Μαρτίου 1901, αλλά η εξέγερση συνεχίστηκε έως το 1913 και κόστισε τη ζωή σε πάνω από ένα εκατομμύριο Φιλιππινέζους.[2] Η θέση της χώρας ως αποικίας άλλαξε, όταν ιδρύθηκε η Κοινοπολιτεία των Φιλιππίνων, το 1935, η οποία παρείχε μεγαλύτερη αυτοδιοίκηση. Τα σχέδια για την αύξηση της ανεξαρτησίας κατά τη διάρκεια της επόμενης δεκαετίας διακόπηκαν κατά τη διάρκεια του Δεύτερου Παγκοσμίου Πολέμου, όταν εισέβαλε η Ιαπωνία και κατέλαβε τα νησιά, παρότι ηγέτης των Ενόπλων Δυνάμεων της χώρας ήταν ο Στρατηγός Ντάγκλας Μακ Άρθουρ. Στην περιοχή των Φιλιππίνων διεξήχθησαν μερικές από τις σφοδρότερες μάχες και ναυμαχίες του Πολέμου. Αφότου νικήθηκαν οι Ιάπωνες το 1945, οι Φιλιππίνες επέτυχαν ανεξαρτησία από τις Ηνωμένες Πολιτείες στις 4 Ιουλίου 1946.

Από το 1946, το πρόσφατα ανεξάρτητο Φιλιππινέζικο κράτος έχει να αντιμετωπίσει την πολιτική αστάθεια με τις διάφορες επαναστατικές ομάδες.

Το 1965 εκλέχτηκε πρόεδρος ο Φερδινάντο Μάρκος, το κύριο πρόσωπο της ιστορίας των Φιλιππίνων για τα επόμενα 20 χρόνια. Στα τέλη της δεκαετίας του 1960 και στην αρχή της δεκαετίας του 1970 γνώρισε οικονομική ανάπτυξη που ήταν η δεύτερη στην Ασία, μετά την Ιαπωνία. Στις 26 Ιανουαρίου του 1970, ημέρα μεγάλης διαδήλωσης 20.000 φοιτητών, εργατών και αγροτών στη Μανίλα, σκοτώθηκαν τέσσερις φοιτητές και τραυματίστηκαν συνολικά 530 άτομα. Εν όψει των εκλογών για την ανάδειξη των 320 αντιπροσώπων στη Συνταγματική Συνέλευση, η οποία θα αναλάμβανε την αναθεώρηση του Συντάγματος του 1935, οι διαδηλωτές ζητούσαν υπερκομματική ιδιότητα των υποψηφίων και κυρίως να μην προέρχονται από το κυβερνών Εθνικιστικό Κόμμα, δικαίωμα ψήφου από τα 18 και περιορισμό της προεδρικής θητείας σε δύο μόνο περιόδους. Όταν ο πρόεδρος Φερδινάντο Μάρκος και η σύζυγός του Ιμέλντα Μάρκος δέχτηκαν επίθεση έξω από το μέγαρο της Γερουσίας, επακολούθησαν συμπλοκές με εκατοντάδες τραυματίες. Η εκρηκτική κατάσταση έφτασε στην κορύφωσή της στις 30 Ιανουαρίου, όταν 15.000 άτομα συγκρότησαν νέα διαδήλωση, η οποία κατέληξε σε νέα αιματοχυσία. Τα σχολεία και τα πανεπιστήμια έκλεισαν για μία εβδομάδα και στις 2 Φεβρουαρίου ο πρόεδρος Μάρκος δεσμεύτηκε να μη θέσει υποψηφιότητα για τρίτη θητεία και αποχή των βουλευτών του κόμματός του από τις εκλογές για τη Συνταγματική Συνέλευση. Όμως ούτε οι δεσμεύσεις του ούτε ο κυβερνητικός ανασχηματισμός και η αποπομπή του αρχηγού της αστυνομίας έφεραν αποτέλεσμα. Οι ταραχές συνεχίστηκαν σε όλη τη διάρκεια του 1970, όχι μόνο στη Μανίλα αλλά και σε άλλες περιοχές της νησιωτικής χώρας. Στη Λουσόν δράση ανέπτυξαν ο φιλοκινεζικός Νέος Λαϊκός Στρατός και ο Λαϊκός Απελευθερωτικός Στρατός, που προήλθαν από τη διάσπαση του κομμουνιστικού ανταρτικού κινήματος Χουκ, ενώ στο μεγαλύτερο νησί, το Μιντανάο, το αριστερό αποσχιστικό Κίνημα των Μελανοχιτώνων συγκρούστηκε με τον κυβερνητικό στρατό. Οι Μελανοχίτωνες ήταν κυρίως Μόρος, δηλαδή μουσουλμάνοι -4.000.000 σε σύνολο πληθυσμού 38.000.000. Η έκρυθμη κατάσταση παρατάθηκε για πολλά χρόνια στις Φιλιππίνες, με την ιδιαίτερη στρατηγική σημασία για τη Δύση, όπου όμως, η ανισότητα και η διαφθορά του καθεστώτος Μάρκος, που παρέμεινε στην εξουσία μέχρι το 1986, ευνόησαν την ανάπτυξη του αντιαμερικανισμού και των ακραίων κινημάτων[3].

Ο Μάρκος κήρυξε στρατιωτικό νόμο στις 21 Σεπτεμβρίου 1972 και κυβέρνησε τη χώρα δικτατορικά. Στις 21 Αυγούστου 1983 δολοφονήθηκε ο ηγέτης της αντιπολίτευσης Νινόι Ακίνο κατά την επιστροφή του από εξορία στις ΗΠΑ. Τον Ιανουάριο του 1986, ο Μάρκος επέτρεψε αιφνιδιαστικά να γίνουν πρόωρες εκλογές, μετά από μεγάλες διαμαρτυρίες. Η αντιπολίτευση κατήγγειλε νοθεία και ξέσπασαν συγκρούσεις μεταξύ στρατιωτικών στασιαστών και στρατιωτικών που έμειναν πιστοί στο Μάρκος. Οι στασιαστές υποστηρίχθηκαν από διαδηλωτές και ακολούθησαν παραιτήσεις κυβερνητικών αξιωματούχων. Η Κορασόν Ακίνο, η χήρα του Νινόι Ακίνο, αναγνωρίστηκε ως νικήτρια των πρόωρων εκλογών. Ανέλαβε την κυβέρνηση και ξεκίνησε τη διαδικασία συνταγματικής αναθεώρησης. Ο Μάρκος, η οικογένειά του και μερικοί από τους συμμάχους του κατέφυγαν στη Χαβάη. Οι διαδηλώσεις που οδήγησαν στην πτώση του Μάρκος από την εξουσία έμειναν γνωστές ως η Επανάσταση της Λαϊκής Δύναμης.[4]

Μετά τα γεγονότα του 1986 και την επιστροφή στη δημοκρατία, τις προσπάθειες μεταρρυθμίσεων δυσχεραίνουν το υπέρογκο εθνικό χρέος, η διαφθορά, προσπάθειες πραξικοπήματος και ένα ισλαμικό αυτονομιστικό κίνημα. Η οικονομία βελτιώνεται κατά τη διάρκεια της θητείας του Φιντέλ Ράμος, ο οποίος εκλέχτηκε το 1992. Στη συνέχεια όμως η χώρα επλήγη από την ασιατική οικονομική κρίση του 1997. Ένα νέο επαναστατικό κίνημα οδήγησε στην πτώση του επόμενου προέδρου, Τζόζεφ Εστράδα. Η κυβέρνηση της Προέδρου Γκλόρια Αρόγιο κατηγορήθηκε για διαφθορά και νοθεία στις εκλογές. Το 2009 πέθανε η Κορασόν Ακίνο και τον επόμενο χρόνο ο γιος της, Μπενίνιο, εξελέγη στο ύπατο αξίωμα.