Τον 3ο αιώνα π.Χ. κάτοικοι των Συρακουσών ίδρυσαν αποικία στο νησί Ίσσα (σημ. πόλη Βις), από το οποίο προέρχονταν οι άποικοι που ίδρυσαν την πόλη Τραγούριον, η οποία αναφέρεται και από τους ιστορικούς και γεωγράφους Στράβωνα και Πτολεμαίο.[1][2] Το Τραγούριον αναπτύχθηκε σε μεγάλο λιμάνι μέχρι τους ρωμαϊκούς χρόνους (λατ. ονομασία Tragurium Civium Romanorum), οπότε και άρχισε να την ανταγωνίζεται η δαλματική πόλη των Σαλώνων. Μετά από επίθεση Σλάβων και Αβάρων στην πόλη των Σαλώνων, η οποία καταστράφηκε, οι κάτοικοί της κατέφυγαν στο Τρογκίρ. Στους βυζαντινούς χρόνους ήταν γνωστή, από παρετυμολογία, με το όνομα Τετράγγουρον.[3]

Μετά τις κατακτήσεις του Καρλομάγνου, οι δαλματικές πόλεις πέρασαν στα χέρια των Φράγκων. Τον 11ο αιώνα ιδρύθηκε στο Τρόγκιρ επισκοπή, η οποία καταργήθηκε αιώνες μετά το 1828, ενώ το 1107 ιδρύθηκε επίσημα ως αυτόνομη πόλη από τον Ούγγρο βασιλιά Κολομάν. Το 1123 η πόλη κατακτήθηκε και καταστράφηκε σχεδόν ολοκληρωτικά από τους Σαρακηνούς. Ωστόσο ανέκαμψε σε σύντομο χρονικό διάστημα και γνώρισε μεγάλη οικονομική άνθηση κατά το 12ο και 13ο αιώνα. Το 1242 κατέφυγε εκεί ο βασιλιάς Μπέλα Δ΄ της Ουγγαρίας, θέλοντας να ξεφύγει από τους Τατάρους.

To 1420 είναι η χρονολογία-αφετηρία για την μακροχρόνια κυριαρχία των Ενετών στην περιοχή. Με την πτώση της Βενετίας το 1797, το Τρόγκιρ πέρασε στη δυναστεία των Αψβούργων. Έπειτα από ένα διάστημα γαλλικής κατοχής από το 1806 ως το 1814, κατά τη διάρκεια των Ναπολεόντειων πολέμων, μέχρι το 1914 ανήκε στην Αυστροουγγαρία.

Μετά τον Α΄ Παγκόσμιο Πόλεμο το Τρόγκιρ και όλη η Κροατία αποτέλεσε, μαζί με τη Σλοβενία, την Κροατία και τη Σερβία, το Βασίλειο της Γιουγκοσλαβίας. Την περίοδο αυτή οι Ιταλοί κάτοικοι της πόλης, άλλοτε άρχουσα τάξη και μεγάλη σε πληθυσμό, αναγκάστηκαν να φύγουν προς την Ιταλία.

Κατά το Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο το Τρόγκιρ καταλήφθηκε από την Ιταλία το 1941 και τη Γερμανία το 1943. Απελευθερώθηκε το 1944, αποτέλεσε τμήμα της μεταπολεμικής Γιουγκοσλαβίας μέχρι τη διάλυσή της, οπότε το 1991 ανήκει επίσημα στο κράτος της Κροατίας.

Στις αρχές του 20ού αιώνα ιδρύθηκε στην πόλη ναυπηγείο, του οποίου η ναυπηγική δραστηριότητα αποτελεί μέχρι σήμερα τη κεντρική βάση της οικονομίας της περιοχής, μαζί με τον τουρισμό, τη γεωργία και την αλιεία.