Η γέφυρα κατασκευάστηκε από το 1565 έως το 1566 ή 1567 από τον Οθωμανό αρχιτέκτονα Μιμάρ Χαϊρουντίν ή και Χαϊρεντίν ύστερα από παραγγελία του σουλτάνου Σουλεϊμάν του Μεγαλοπρεπή το 1556 . Ο Χαϊρουντίν ήταν μαθητής του Μιμάρ Σινάν, του σημαντικότερου ίσως Οθωμανού αρχιτέκτονα. Σύμφωνα με έναν ανεπιβεβαίωτο θρύλο πριν από την κατασκευή της Στάρι Μοστ θέλησε να δοκιμάσει τη νέα μέθοδο κατασκευής γεφυροποϊίας που ήθελε να χρησιμοποιήσει σε μικρότερη κλίμακα. Γι’αυτό κατασκεύασε στα περίχωρα μια πανομοιότυπη γέφυρα σε μικρότερη κλίμακα, η οποία ακόμα υπάρχει. Μέχρι την κατασκευή της μικρής γέφυρας ο αρχιτέκτονας ήταν γνωστός μόνο για την κατασκευή τζαμιών. Η μικρότερη γέφυρα ονομάζεται Κρίβα Τσούπριγια (Kriva Ćuprija, ελληνικά: τοξοτή γέφυρα) και βρίσκεται στον ποταμό Ραντόμπολια.

Η γέφυρα καταστράφηκε στις 9 Νοεμβρίου του 1993 κατά τη διάρκεια του πολέμου της Βοσνίας ύστερα από 427 χρόνια ύπαρξης. .Η καταστροφή, ύστερα από πολύωρο βομβαρδισμό, καταγράφηκε από ερασιτεχνικές κάμερες. Σύμφωνα με το πόρισμα του διεθνούς δικαστηρίου για την πρώην Γιουγκοσλαβία η γέφυρα καταστράφηκε εκ προθέσεως από το Κροατικό Συμβούλιο Άμυνας.[1]

Ύστερα από το τέλος του γιουγκοσλαβικού εμφυλίου κατασκευάστηκε αρχικά στη θέση της κατεστραμμένης Στάρι Μοστ μια προσωρινή κρεμαστή γέφυρα. Η Παγκόσμια Τράπεζα, η UNESCO, το Ίδρυμα Αγά Χαν και το Παγκόσμιο Ταμείο Μνημείων σχημάτισαν μια συμμαχία για να επιβλέπουν την επανακατασκευή της Στάρι Μοστ και του παλαιού κέντρου του Μόσταρ. Στο πρόγραμμα συνέδραμαν οικονομικά η Ιταλία, η Ολλανδία, η Κροατία, η Τουρκία καθώς και η Αναπτυξιακή Τράπεζα του Συμβουλίου της Ευρώπης καθώς και η κυβέρνηση της Βοσνίας. Κόστισε περίπου 15 εκατομμύρια ευρώ και την κατασκευή της γέφυρας ανέλαβε η τουρκική κατασκευαστική εταιρεία ER-BU. Στο μέτρο του δυνατού χρησιμοποιήθηκαν οι αυθεντικοί ογκόλιθοι της γέφυρας του 1566 όπου υπήρχαν ακόμα και ήταν αξιοποιήσιμοι, οι οποίοι ανασύρθηκαν από το ποτάμι από Ούγγρους δύτες. Συνολικά τοποθετήθηκαν 1088 ογκόλιθοι. Η επίσημη επαναλειτουργία της γέφυρας έγινε στις 23 Ιουλίου του 2004 με παρόντες εκπρόσωπους από 60 χώρες.