Το όνομα "Γουαϊτόμο" προέρχεται από τις λέξεις των Μαορί γουάι, που σημαίνει νερό και τόμο, που σημαίνει τρύπα ή άξονας. Οι ντόπιοι Μαορί γνώριζαν για τα σπήλαια για περίπου έναν αιώνα προτού δείξουν την είσοδο το 1884 σε έναν ντόπιο Μαορί, με καταγωγή από την Kawhia, τον Τάιν Τινοράου και τους Άγγλους τοπογράφους, Λόρενς Κάσεν και Φρεντ Μέις. Οι Τάιν και Φρεντ έκαναν εκτεταμένες εξερευνήσεις το 1887 και 1888. [1] Η εξερεύνηση τους έγινε με το φως των κεριών σε μια σχεδία, που πήγαινε μέσα στη σπηλιά όπου το ρέμα περνά υπόγεια (τώρα η τουριστική έξοδος του σπηλαίου.) Καθώς ξεκίνησαν το ταξίδι τους, συνάντησαν το Σπήλαιο με τις πυγολαμπίδες και έμειναν έκπληκτοι από την αστραφτερή λάμψη, που προερχόταν από την οροφή. Καθώς ταξίδευαν πιο μέσα στη σπηλιά, σπρώχνοντας με το κοντάρι τους προς ένα ανάχωμα, έμειναν έκπληκτοι από τους ασβεστολιθικούς σχηματισμούς. Αυτοί οι σχηματισμοί τους περιέβαλαν σε όλα τα σχήματα και μεγέθη.

Επέστρεψαν πολλές φορές μετά και ο Αρχηγός Τάιν ανακάλυψε ανεξάρτητα την είσοδο του ανώτερου επιπέδου στο σπήλαιο, που είναι τώρα η σημερινή είσοδος. Η πρόσβαση των επισκεπτών βελτιώθηκε, όταν ο σιδηρόδρομος επεκτάθηκε στην Οτοροχάνγκα το 1887. [2] Μέχρι το 1889, ο Τάιν Τινοράου και η σύζυγός του Χουτί είχαν ανοίξει το σπήλαιο στους επισκέπτες και ξεναγούσαν ομάδες επισκεπτών με μια μικρή αμοιβή. Ο Τόμας Χάμφρις, (Επίτροπος της Κρόουν Λάντς και Προϊστάμενος Επιθεωρητής του Όκλαντ 1889-1891) [3] έκανε μια πλήρη μελέτη αργότερα το ίδιο έτος, σημειώνοντας ότι γκράφιτι είχαν ήδη αναγραφεί στα «πιο ευαίσθητα τμήματα» της σπηλιάς, αν και σημείωνε ότι «Οι ντόπιοι τώρα φροντίζουν πολύ τα σπήλαια», αλλά συνιστούσε στην κυβέρνηση να αναλάβει το σπήλαιο, για να παρέχει περισσότερες υπηρεσίες στους επισκέπτες. Περίπου 500 τουρίστες επισκέφτηκαν το σπήλαιο τα δύο πρώτα χρόνια. Μετά από χρόνια προσπαθειών να αγοράσει τα σπήλαια, η κυβέρνηση χρησιμοποίησε τον νόμο περί διατήρησης τοπίου του 1903 και τον νόμο περί δημοσίων έργων του 1905, για να τα αναλάβει έναντι 625 λιρών. [1] Το 1906, μετά από μια κλιμάκωση των βανδαλισμών,  τη διαχείριση του σπηλαίου ανέλαβε η κυβέρνηση. Το 1910 χτίστηκε το Waitomo Caves Hotel, για να στεγάσει τους πολλούς επισκέπτες.

Η Tourist Hotel Corporation, μια κρατική επιχείρηση, ανέλαβε τη διαχείριση του σπηλαίου το 1957. Το ξενοδοχείο πουλήθηκε στην Southern Pacific Hotels Corporation το 1990 και, το 1994, συμφώνησαν για άδεια για τα σπήλαια με την DOC και τους ιδιοκτήτες των Μαορί, πουλώντας το στην Tourism Holdings Limited το 1996. [1]

Το 1989, η γη και το σπήλαιο επιστράφηκαν στους απογόνους του Αρχηγού Τάιν Τινοράου και της Χουτί, που αποτελούν πολλούς από τους υπαλλήλους των σπηλαίων σήμερα. [4][απέτυχε η επαλήθευση] Οι απόγονοι λαμβάνουν ένα ποσοστό των εσόδων του σπηλαίου και συμμετέχουν στη διαχείριση και την ανάπτυξή του σύμφωνα με την Πράξη Διακανονισμού του Γουαϊτόμο του 1990. [1]